3．流域管理机构的管理职能多样。我国流域管理机构的水行政管理职能涉及防洪、水资源、水工程管理和水文、勘测、规划、设计、施工、科研及水利水电经营管理等各个方面，并在强调对重要江河、湖泊进行管理的同时还注重全流域的职能覆盖。随着流域治理开发步伐的加快，流域管理机构的水行政管理职能逐步得到加强。从管理国家的水利投资计划，管理取水许可、水量分配及水资源保护和水土保持，到调处省际间水事纠纷等，流域管理机构水行政管理职能的范围和领域在不断拓宽，管理力度在不断加大，管理水平也在逐步提高。[1]
（二）我国流域管理体制中存在的问题
我国各大流域由于受自然地理条件和特定社会环境的影响，客观上需要开展流域的综合管理。但从现有流域管理的实际进程和效果来看，还存在着诸多问题，主要表现为流域管理体制不顺。
1．流域管理机构层次不清易引起人们认识的混乱。《
水法》第
12条第2款明确规定在对一级流域设立流域管理机构并赋予其相应职责。而对于二、三级流域《
水法》并未明确流域管理机构的设立，但却在第
17条第1款中规定了二级流域流域管理机构的相关职能，如此规定尤显突兀，也容易造成人们的认识不清。
2．流域管理机构地位不明确导致其管理能力和行政权威性受到影响。流域管理机构仅作为水利部的派出机构，导致其议事及综合协调能力难以发挥作用。在实际工作中，有些地区和部门仅仅将流域管理机构视为附属于水利部的技术服务性事业单位，这也大大削弱了流域管理机构的行政权威性。
3．部门管理与地方行政区域管理相结合的管理体制不利于流域管理职权的统一行使。流域管理不仅要发挥区域的积极作用，还要引导区域发展符合流域整体的发展目标，此外，流域管理体制必须能够有效规制和平衡流域内各种水资源开发主体的行为和利益要求，而目前分散的流域管理体制显然难以胜任。
4．流域管理机构传统的工作习惯难以承担流域管理职责。国家对流域管理机构的建立往往以实施大规模流域治理为目的，因此流域管理机构从设立之初即带有浓厚的基本建设色彩，工作中片面重视技术管理和工程管理，忽视水域、水资源和水行政管理以及其自身管理能力的提高，因而难以担负起流域综合管理的重任。[2]
