（二） 区域间协调机制不健全
《
水污染防治法》虽然规定防治水污染应当按流域或者按区域进行统一规划，但是由于流域水污染可能涉及许多省、自治区、直辖市，它们之间在经济发展水平、地理因素等方面都存在差异，很多利益不好协调，而由于国家环保总局以及各级环境保护主管部门的地位并不独立，在协调跨界流域水污染问题上并不能够发挥很好的协调作用。
（三） 惩罚力度不够
我国现有保护水资源的法律法规在惩罚违法行为上并未规定过高的惩罚额度，惩罚的方式和种类也不多，因此，造成了污染企业宁愿违法排污。由于购买污染处理设备的成本过高，而污染处理设备作业也需要很高的费用，因此，许多企业或没有污染处理设备，或闲置不用，即使被查处，其罚款的额度仍远远低于违法作业的所得收益。
（四）公众参与不足
《
水污染防治法》第
五条规定：“一切单位和个人都有责任保护水环境，并有权对污染损害水环境的行为进行监督和检举。”其他关于水资源保护的法律法规也有关于公众参与的笼统规定，但都仅仅赋予公众监督检举权，并未从实质上赋予公众直接参与的权利，缺乏有效的保障机制，公众参与的效果并不良好。虽然规定在环境影响评价中必须有公众参与，但由于缺乏水环境状况的信息，公众参与也仅流于形式，并未真正实现广大群众对水环境保护的参与。
三、新《
水污染防治法》对流域水污染治理的突破
2008年6月1日新修订实施的《
水污染防治法》，对于我国水污染的治理有非常重大的意义，尤其对于流域水污染治理这一难题来说更是意义重大。新的《
水污染防治法》，是对我国水资源保护和水污染防治法律体系的完善，是针对当前水污染治理中存在的突出问题，在总结经验教训的基础上颁布实施的，对现有法律法规未规定或者虽有规定但十分模糊的方面做出了规定或者较为具体的规定，无疑使水污染治理在法律方面有了新的突破。虽然，到目前为止并没有专门针对流域水污染治理的法律，但现有的水资源保护和水污染防治法律法规仍为治理流域水污染提供了有很大的法律保障，尤其是新的《
水污染防治法》中的一些规定适用在流域水污染的治理上更能发挥出作用，产生更为明显的治理效果。
