地方性的配套立法应该着重于程序性的操作性规范，不应为了创新而超越立法权限或者与上位法不相协调。
2、完善水环境、水资源管理体制，实现水资源综合管理
按照流域进行综合管理是国际水环境与水资源管理的通行做法。水环境与水资源应该按照流域进行统一管理，水质与水量也要实现一体化管理。如何实现综合、统一和一体化呢？并不是说由一个机构来管，即使现在有些城市建立的水务局也没有将所有涉水的事物全部包揽，这也是不可能的。统一在同一个理念和规划下是要旨。为此，立法要做如下改进：
——加强规划的协调统一和规划的权威性。只有规划统一协调了，各部门的努力才能形成合力，即使水质与水量分属不同的部门负责管理，也不会影响它们一体化。只有规划具有足够的权威了，才能统领全局，机构之间才能建立理性的持久合作关系，而不是靠个人魅力或者个人关系维持的感性的不可持续的合作关系。
——建立部门联系会议或联合执法机制，解决因法律无法清晰授权的而产生的部门之间的职责交叉与重叠的问题。
——整合现有流域管理机构，成立统一的流域管理委员会，该委员会应该由国务院相关部门（特别是水环境和水资源行政主管部门）和流域内相关地方政府组成，建立流域水环境和水资源委员会机制，由流域范围内所有利益相关方的代表共同参与，统一监督和综合协调处理有关的流域水环境与水资源保护问题。
3、强化政府及执法部门的责任
首先，明确中央与地方、上级与下级政府间的职责与权限，并建立政府首长问责制度。
其次，明确执法部门的法律责任，尤其是建立健全对不作为或消极作为行为的责任追究制度。
再次，建立公益诉讼制度，利用公众和司法力量加强对政府和执法部门的监督。
4、进一步完善面源污染控制的途径与措施
——修改《
清洁生产促进法》或者出台循环经济方面的立法，明确具体的激励措施，鼓励农业的清洁生产。
——加强《
水土保持法》、《
森林法》等法律在防止面源污染方面的功能，增加相应的法律规范。
——进一步加强城市污水的集中处理，提高处理率，将城市污水集中处理率像节能减排任务一样，纳入政府及其负责人的业绩考试范畴。
——建立针对特定污染物质的控制措施。比如氮、磷或者DDT等，从源头进行控制（生产、销售环节）。
5、建立水环境、水资源保护的资金保障机制
《
水污染防治法》规定的生态补偿机制，实质就是一种资金保障机制。在水环境、水资源保护领域，不仅仅是饮用水水源保护区区域和江河、湖泊、水库上游地区的生态恢复与维持需要资金支持，其他所有事项无不需要资金保障，如上述控制面源污染的清洁生产激励机制，同样需要资金支持。生态补偿只不过是资金的使用方向问题。因此，与其说建立现在立法所规定的生态补偿机制，还不如说建立更广泛的资金保障机制。既然《
水污染防治法》可以规定财政转移支付生态补偿资金，也可以在《
环境保护法》中规定环境保护的资金直接与国民生产总值挂钩，纳入国家财政预算。
6、明确流域内不同法律主体的权利、义务关系
