但是，现行《
水法》和《
水污染防治法》有关行政调解处理水事民事纠纷和水污染民事纠纷的规定，却无法保障行政调解的有效性。因为现行《
水法》第
57条和《
水污染防治法》第
86条仅规定，水事纠纷和“因水污染引起的损害赔偿责任和赔偿金额的纠纷”，可以由有关行政主管部门调解，“调解不成的，当事人可以向人民法院提起诉讼”；而没有明确行政调解的法律效力。据全国人大有关部门和国家环境保护部门的有关解释，这种调解结果（即通过行政调解达成的调解协议）没有法律效力，当事人可以不执行调解协议，当一方当事人不执行调解协议时，另一方当事人不能申请人民法院法院确认该调解协议的法律效力，不能申请人民法院执行该调解协议，而且当事人可以在没有推翻原行政调解协议的情况下就原纠纷向人民法院提起诉讼。上述规定及其解释，导致行政调解协议没有法律效力，实际上是否定或变相取消了行政调解。
二、完善法律和相关制度的建议
（一）立法方向的调整
现在的水环境与水资源保护的立法以行政管制为主，在出现不能很好的实现既定的立法目的的情况下，修改的方向也是寻找新的行政管制手段，或者是强化已有的行政管制手段。结果是法律越来越多，法律越来越长，环境质量状况和环境守法状况似乎并没有成正比地改善。鉴于这样的情况，今后立法应有意识地向以下三个方向加以调整：
第一，在完善行政赋权的同时，立法应更多地向行政问责调整。这一点已经在《国务院关于落实科学发展观加强
环境保护工作的决定》（国发〔2005〕39号）中被明确提出。决定第（十九）条指出：规范环境执法行为，实行执法责任追究制，加强对环境执法活动的行政监察。不仅仅是要对执法部门加强执法行政监察，也要对政府责任的落实进行审核。这应当是当前立法改进的一个急所。
第二，在完善相对人的义务的同时，立法应更多地向明确法律关系各方权利义务关系的方向调整。立法不应是仅简单地告诉规制对象应该或者不该做什么，更应该明确地界定与水环境、水资源相关的法律关系各方的法律权利与义务关系。换句话说，就是立法不应只注重行政法律关系的调整，还应该注重民事法律关系的调整，这样更有利于运用市场机制和司法途径来达到立法目的。
第三，在完善行政执法程序建设的同时，向健全社会监督机制的方向调整。也就是通过信息公开等方式为公众参与创造条件，充分发挥市民社会和环境公益组织的作用。
（二）几点具体的建议
1、加快制定或修改相关法律法规
适时清理与水环境、水资源保护有关的法律，对其中规定重复的部分进行整理；对授权不明确的部分，加以明确，确实无法明确的应建立协调机制。对矛盾和冲突的部分进行修正。
对实施法律需要的配套法规，除了明确授权立法的主体外，还应该有时限要求，保证法律的及时真实地生效。目前急需修改2000年发布的《
水污染防治法实施细则》和1998年发布的《
建设项目环境保护管理条例》；应加快制定有关重点水污染物排放总量控制的办法、水排污许可办法、城镇污水集中处理设施管理办法；在执行《
水污染防治法》有关限期治理和代履行的规定方面，存在许多法律问题和实际问题，急需要制定有关限期治理和代履行的具体办法和法律制度。例如，由谁先行垫付有关代履行的费用？如果违法企业破产，谁承担因代履行而发生的费用？如果没有设立环境保护基金，大量的代履行费用从哪里支付？是否要求通过招标方式寻找代履行的治理企业等问题。
