除此之外，法律中还有许多以“国家”为主语的条款，理论上主要都应该是由各级人民政府来负责推行。
应该说这些条款的数量在各自的法律中所占的比例并不算少，但大多采用的是“应当”等强制性不很强的用语，而且法律对上述政府职责没有规定相应的法律责任条款、审查监督问责机制，从而导致这些规定大多流于形式，严重影响了法律的实施效果。从总体上看，新修改的《
水污染防治法》仍然是主要规范企业行为、很少规范政府行为的法律，仅在第
69条对政府行为笼统地提到“依法给予处分”。
（四）面源污染问题
面源污染在很多地方已经成为水体污染负荷的主要方面，但现行的立法还是以点源控制为主。新修订的《
水污染防治法》尽管认识到这一点，将城镇生活污染、农业面源污染的防治作为重点内容之一（第
三条），并专门用两节的内容来规范城镇污水集中处理和农村与农业面源污染的防治工作（第四章第三节、第四节，共八个条款），但由于资金和技术等多种因素的制约，城镇污水集中处理率依然不高，农业面源污染控制依然没有可操作性的办法与措施。
《
森林法》、《
水土保持法》和《
清洁生产促进法》也对可以在面源污染防治方面发挥作用，但由于缺乏强有力的激励机制，依靠传统的强制措施显然不能满足面源污染防治的需要。
（五）生态补偿机制问题
《
水污染防治法》第
七条首次对生态补偿作了规定：国家通过财政转移支付等方式，建立健全对位于饮用水水源保护区区域和江河、湖泊、水库上游地区的水环境生态保护补偿机制。
从这条的文字表述来看，生态补偿机制的建立显然是国家或中央政府的责任，并不涉及上下游用水单位或者政府之间的权利义务关系；或者说，该制度已经没有多少需要研究的问题，只剩下出台具体的实施办法，拿出资金用于相应地区的生态环境建设。实际上，生态环境补偿机制、特别是流域生态补偿机制并未建立，需要加快研究制定生态补偿条例。
（六）跨行政区水污染纠纷、水事纠纷的处理问题
《
水法》第
五十六条规定，“不同行政区域之间发生水事纠纷的，应当协商处理；协商不成的，由上一级人民政府裁决，有关各方必须遵照执行。”根据该条规定，协商不行的跨行政区域水事纠纷，可以由上一级人民政府裁决，这样解决比较及时有力，能有效解决水事纠纷久拖不决的问题。而新修改的《
水污染防治法》第
二十八条却规定，“跨行政区域的水污染纠纷，由有关地方人民政府协商解决，或者由其共同的上级人民政府协调解决。”根据该条规定，协商不行的跨行政区域水污染纠纷，上一级人民政府仍然只能对其采取协调方式，协商或协调的共同特点都建立纠纷双方自愿的基础上，这样很可能导致跨行政区域水污染纠纷“协商、协调无期”，水污染纠纷久拖不决的情况。目前我国存在大量、长期没有解决的跨行政区域水污染纠纷，《
水污染防治法》这一软弱规定，是造成这种状况的一个重要原因。其实，跨行政区域的水事纠纷和水污染纠纷的处理方式完全可以统一、协调起来。
