在流域层次，现行《
水法》被定位为水利部门的派出机构，派出机构这种性质很难协调流域各利益相关方、特别是不同条、块之间的矛盾。按照现行《
水法》和《
水污染防治法》的规定，区域与流域是并行的关系，上游与下游之间没有相互的权利与义务关系。水环境与水资源保护出现的问题往往是流域性的，如果流域跨越了行政区域边界，就只有寻求共同的上一级机构来协调解决。但是，上下级之间只有业务指导关系，也没有很明晰的分权与约束机制。结果，跨区域的流域水环境、水资源问题就成了久拖不决的痼疾，“公地悲剧”反复上演，屡见不鲜。
总之，在现行法律中，流域水资源开发、利用、保护的管理体制尚未理顺，跨界水污染防治中的主体责任没有明确。
（三）政府水环境资源保护责任问题
上文已经论及，水环境与水资源保护的法律主要还是政府管制法，那么政府就应当对这些法律的实施效果承担主要责任。但现行的立法对政府责任的规范恰好是相对薄弱的。
我们先看看《
水法》对政府的明确规范：水资源属于国家所有，由国务院代表国家行使所有权（第
三条）。县级以上人民政府应当加强水利基础设施建设，并将其纳入本级国民经济和社会发展计划（第五条）。各级人民政府应当采取措施，加强对节约用水的管理，建立节约用水技术开发推广体系，培育和发展节约用水产业（第八条）。各级人民政府负责批准各种水资源规划（第十七条）。地方各级人民政府应当结合本地区水资源的实际情况，按照地表水与地下水统一调度开发、开源与节流相结合、节流优先和污水处理再利用的原则，合理组织开发、综合利用水资源（第二十三条）。地方各级人民政府应当加强对灌溉、排涝、水土保持工作的领导，促进农业生产发展；在容易发生盐碱化和渍害的地区，应当采取措施，控制和降低地下水的水位（第二十五条）。城市人民政府应当因地制宜采取有效措施，推广节水型生活用水器具，降低城市供水管网漏失率，提高生活用水效率；加强城市污水集中处理，鼓励使用再生水，提高污水再生利用率（第五十二条）。不同行政区域之间发生水事纠纷的，应当协商处理；协商不成的，由上一级人民政府裁决，有关各方必须遵照执行（第五十六条）。
再看看2008年2月刚修订的《
水污染防治法》：县级以上人民政府应当将水环境保护工作纳入国民经济和社会发展规划。县级以上地方人民政府应当采取防治水污染的对策和措施，对本行政区域的水环境质量负责（第四条）。各级人民政府负责批准各类水污染防治规划（第十五条）。国务院有关部门和县级以上地方人民政府开发、利用和调节、调度水资源时，应当统筹兼顾，维持江河的合理流量和湖泊、水库以及地下水体的合理水位，维护水体的生态功能（第十六条）。跨行政区域的水污染纠纷，由有关地方人民政府协商解决，或者由其共同的上级人民政府协调解决（第二十八条）。国务院有关部门和县级以上地方人民政府应当合理规划工业布局，要求造成水污染的企业进行技术改造，采取综合防治措施，提高水的重复利用率，减少废水和污染物排放量（第四十条）。划定饮用水源保护区（第五十六条）。国务院和省、自治区、直辖市人民政府根据水环境保护的需要，可以规定在饮用水水源保护区内，采取禁止或者限制使用含磷洗涤剂、化肥、农药以及限制种植养殖等措施（第六十三条）。
