以上情况的出现，表面是部门利益的冲突，实质是法律授权时没有做出有效的协调。以上涉水的法律都具有很浓厚的行政管制法的特征，主要还是靠“命令+控制”的模式来调整相应的法律关系的。因此，法律规范对于管理部门来说多是赋权性的，对相对人来说多是义务性的。正是对于一些交叉重叠性的事项授权不清、重复或重叠，导致了法律之间的不协调。
2、法律与配套法规的衔接问题
所谓配套法规大致有两类：一类是法律明确授权要求制定的法规或规章；另一类是法律虽没有明确授权，但是为了保证法律的贯彻实施需要制定的法规或规章。
第一类配套法规如《
水污染防治法》第二章授权国务院环境保护部门制定水环境质量（或水污染物排放）标准和重点流域水污染防治规划，第
十八条授权国务院制定重点水污染物实施总量控制的具体办法和实施步骤，第
二十条授权国务院制定排污许可的具体办法和实施步骤，第
二十三条授权国务院环境保护部门制定重点排污单位安装水污染物排放自动监测设备并联网管理的办法，第
二十五条授权国务院环境保护部门制定水环境监测规范，第
四十四条授权国务院制定城镇污水集中处理设施的污水处理收费、管理以及使用的具体办法；《
水法》第
三十九条授权国务院制定河道采砂许可制度实施办法，第
四十八条授权国务院制定实施取水许可制度和征收管理水资源费的具体办法，第
五十五条授权价格部门会同有关部门制定水费征收办法，等等。
第二类配套法规如根据《
水污染防治法》第
五条制定水环境保护目标责任制和考核评价制度实施办法、第
七条制定水环境生态补偿补偿办法、第
二十一条制定关于排污申报登记的规定、根据第
二十二条制定设置排污口的规定， 第
二十四条制定排污费征收使用管理办法；根据《
水法》第
八条制定节水办法、第
三十二条制定水功能区划办法、第
四十五条制定水量分配方案，等等。
根据全国人大环资委有关课题研究的结论，在上述11部法律中，第一类配套法规完成的占70%，还有30%的配套法规没有完成。第二类配套法规的完成情况尽管没有研究成果，情况应该也不会比第一类好多少。没有完整的配套法规，再加上有些不需要配套法规的法律条款的经常怠于实施，可以想见法律施行的效果不会很好。就拿水污染物排放许可来说，从上世纪八十年代就开始有试点，但由于没有法律依据，一直就没有真正发挥过法律功用。现在有了法律依据，如果没有配套法规，排污许可制度将还会是水中月、镜中花。
