1、 检察院在环境公益诉讼中的局限性
几年前，有学者提出，借鉴国外的有益经验，我国构建环境公益诉讼制度可以实行由检察机关或公众提起诉讼的双轨制。检察机关提起的这类诉讼可分为两种情况：一是依职权主动提起, 二是因公众（包括公民和团体）申请而提起。[3]近年来也有学者提出了检察机关启动公益诉讼的弊端。该学者认为，检察机关身负法律监督的职责，再作为公益的代表者，其身份是矛盾的。笔者认为，检察机关在环境公益诉讼中有起不可忽视的作用。有学者曾提出，根据环境公益诉讼所针对的被诉行为，可将环境公益诉讼分为针对公行为的环境公益诉讼和针对私行为的环境公益诉讼。[4]在这样的分类下，检察机关在针对公行为的环境公益诉讼中的作用是不言而喻的。但是，检察机关因有起自身的职能，因此将过多的环境公益诉讼的任务交由检察机关进行不免过多地增加检察机关的诉讼成本，进而增加国家的诉讼负担，从而不利于国家的高效运转。
2、 环保行政部门在环境公益诉讼中的特殊性和局限性
环保行政部门在环境公益诉讼中的作用自然不容小视，然而环保部门的作用主要体现在对环境违法行为的制裁和处罚，而并非作为单独的诉讼主体进行诉讼。环保行政部门参与到环境公益诉讼中有两种可能性，一种是作为环境公共行为的决策者，由于错误决策而造成环境损害的发生，从而成为环境公益诉讼的被告方；另外一种可能性，则是新《
水污染防治法》中规定的，作为支持起诉的主体，对进行环境公益诉讼的原告方提供证据、出庭等方面的支持和帮助。
3、 民间NGO组织在我国的环境公益诉讼中的局限性
环境保护的NGO组织在西方国家的环境运动和环境保护中起到了相当积极的作用，并且成功地代表环境污染受害者进行积极的维权活动。在我国，环境保护的NGO组织并不发达，曾经也有一些学者提出，要培养社会团体，特别是NGO组织，但是这毕竟是一个缓慢的过程。就目前而言，据统计，在我国这样有着13亿人口的国家里，环境保护的社会组织仅有2000个左右，而且大部分都是自上而下的政府型民间组织，真正由民间人士发起的自下而上的草根型民间组织少之甚少，参与的会员人数和组织的资金都十分有限，因此通过民间NGO组织在我国成为环境公益诉讼的主要力量还有很大的局限性。
4、 社区组织在环境公益诉讼中的关键作用
根据新《
水污染防治法》第
88条第一款的代表人诉讼的规定，社区组织作为一定人口聚集区的公民代表进行诉讼是符合法律规定的，而另一方面，社区组织作为社区的服务性机构，代表一定群体进行诉讼又有其公益性的一面。因此，在解决环境公益诉讼的公益性与传统诉讼当事人理论之间的矛盾上，充分发挥社区组织的作用是最为关键的一点。由前文的分析，我们也可以看出，检察机关、环保行政部门、民间环保NGO组织都在环境公益诉讼中存在一定局限性，而这恰恰是社区组织的优势所在。
