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环保部门在查处环境违法行为的过程中，发现有符合移送条件的案件，应当提出书面报告报本部门正职负责人或者主持工作的负责人审批。收到报告的负责人应当自接到报告之日起3个工作日内作出是否批准移送的决定。决定批准的，法制工作机构应当在两个工作日内办理移送手续；决定不批准的，应当将不予批准的理由记录在案。对涉嫌环境犯罪的案件，依法应当给予行政处罚的，环境保护行政主管部门应当依法给予行政处罚或者提请人民政府给予行政处罚。但是，不得以行政处罚代替案件移送。
2、公安机关不接受移送环保部门可求助上级政府
《规定》规定，公安机关应当在环保部门移送的涉嫌环境犯罪案件移送书的回执上签字。其中，对不属于本机关管辖的，应当在24小时内转送有管辖权的机关，并书面通知移送案件的环保部门。
公安机关应当自接受移送案件之日起3日内，作出立案或者不予立案决定，书面通知移送案件的环保部门。公安机关违反国家有关规定，不接受环保部门移送的涉嫌环境犯罪案件，或者逾期不作出立案或者不予立案决定的，环保部门可以报告本级或者上级人民政府依法责令改正。
3、环保部门对公安机关不予立案有异议可提请复议
《规定》指出，环保部门应当在向公安机关移送案件后的10日内向公安机关查询立案情况。对公安机关不予立案通知书有异议的，应当自收到不予立案通知书之日起的3日内提请复议，也可以建议人民检察院依法进行立案监督。
公安机关应当自收到环保部门提请复议申请之日起3日内作出复议决定并书面通知环保部门；环保部门对公安机关不予立案的复议决定仍有异议的，应当自收到复议决定通知书之日起3日内建议人民检察院依法进行立案监督。
环保部门对公安机关决定不予立案的案件，应当依法作出处理。其中，依照有关法律、法规或者规章的规定应当给予行政处罚的，应当依法实施行政处罚；被退回的移送案件的有关责任人员属于国家行政机关任命的人员的，应当将案件移送有管辖权的监察部门处理。
4、环保部门对检察院不立案有异议可要求复议
按照《规定》要求，人民检察院对环保部门移送的有关环境保护渎职等职务犯罪的案件或者案件线索，应当及时审查决定是否立案。对决定立案的，应当及时将立案情况通知移送单位；对决定不予立案的，应当制作不予立案通知书，送达移送案件的环保部门。
环保部门对人民检察院不予立案的决定有异议的，可以在收到不予立案通知之日起5日内要求复议，人民检察院应当自收到复议申请之日起30日内作出复议决定。人民检察院决定不立案，或者在立案后经侦查认为不需要追究刑事责任，作出撤销或不起诉决定的案件，认为应当追究党纪政纪责任的，应当提出检察建议连同有关材料一起移送相应单位的纪检监察部门处理。
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