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首先，自然保护地法[7]应是法律，而非行政法规、规章。现行保护区建设混乱、重叠的重要原因之一即立法等级低，法出多门。要改变现状，必须由全国人民代表大会常务委员会颁行自然保护地法，统筹有关法律。
其次，新立法应囊括现有的保护区域类型，在可持续发展思想的指导下，确立保护区的分级制度、生态补偿制度、社区共管制度、规划制度等具体制度，具体论述见下文。
再次，新立法应理顺各种保护区域的管理体制。在保护区分级保护制度确立的前提下，须规定相应的管理体制。在中央和地方政府下设专门的保护地管理机构可以改变现有的管理体制不顺、职权不明、效率低下的状况。
2、协调云南省现有专门立法
在国家综合性的自然保护地法颁布实施前，云南省相关立法之间的协调则更为现实。《云南省三江并流国家重点风景名胜区管理规定》和《云南省三江并流世界遗产地保护条例》是云南省针对三江并流区域的两部主要专门立法。二者调整的地理区域有很大一部分是重叠的。同一区域出现不同的立法，一方面由于二者分属不同的保护区，另一方面在于后者实际上是为履行国际承诺而产生的。
除上述专门立法外，《云南省森林和野生动物类型自然保护区管理细则》、《云南省自然保护区管理条例》、《云南省风景名胜区管理条例》等其他省级立法以及《高黎贡山国家级保护区管理办法》、《拉市海高原湿地自然保护区管理办法》等一区一法之间也存在协调问题。针对保护区域的重叠问题，制定切实可行的有效对策，可以率先在三江并流区域开展社区共管、综合执法等实践，不断探索，积累经验。
（二）建立相关制度
1、保护区分级
建立完善的保护区[8]分级制度能很大程度上缓解各保护区域的重叠问题。保护区体系应囊括自然保护区、风景名胜区、森林公园、地质公园、文物保护单位等在内的保护类型。因此，保护区应当是为保护生物多样性、自然资源及相关的文化资源，通过法律上和其他的有效手段进行管理的陆地和海洋区域。所以，作为体系整体的保护地，须突破现有的保护区域分立的限制。
众所周知，如今比较先进的保护区域划分法是IUCN分类体系，这一体系已为世界上大多数国家借鉴。事实证明，我国目前的分类体系比较混乱，难以划清各种区域的界线，应当摈弃。我国也应当在IUCN分类的基础上，对三江并流区域的各种保护区予以清理，在合理规划和环境影响评价的前提下，划定不同类型的保护区。其中，尤其要注意的是，改变现行的自然保护区扩大化的理念和不切实际的做法，合理划分严格保护区；适当扩大开发与保护协调的国家公园的面积。目前，云南省已经开展了相关的实践，香格里拉普达措国家公园正在建设中，总体效果不错。
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