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综上所述，由于我国目前多种保护区域立法存在法出多门、效力等级低、内容上陈旧、冲突等问题，这一方面对多种保护区域的重叠问题的产生起了助推作用，另一方面使问题出现后无法所依。如若立法状况得不到改善，任何理论构建都是苍白无力的。
（二）现有保护区制度的弊病
我国目前的多种保护区域呈无序状况，缺乏体系性。原因在于：
首先，各不同的保护区域的法律依据不同。法律依据的不同并不是保护区制度的弊病，只是为保护区域的重叠创造了前提条件。关键是各法律文件间缺乏协调。某一地区可能符合多种保护区的条件，在不同的保护区建设风潮中，相继成立。并且，立法对保护区域的重叠问题未予足够的重视。当涉及区域重叠时，多使用援引方法，参见其他规定。例如，《云南三江并流国际重点风景名胜区管理规定》第5条：“三江并流范围内已设立的自然保护区、旅游度假区的管理和土地、矿藏、水流、森林、草原、野生动物等自然资源的管理，依照有关法律、法规、规章的规定执行。”所以已经出现的保护区重叠的问题就没有规范指导。
其次，由于在行政体制上，不同的保护区域由不同的部门管理，因此申请报批和审批也属于不同的部门。自然保护区的设立申请，可由人民政府或数个相关部门（林业、环保、农业、海洋等），而风景名胜区的申请和审批部门都只能是人民政府。因此，各申请部门互不沟通，各自为政，审批机关审查不严，成为各种保护区域重叠的体制根源。
再次，部门、地域利益的驱使。对于有些部门和地区来说，各种保护区域的意义已经远远超过保护其原本的设立宗旨，其后的拨款机制、项目机制等带来了直接经济效益和知名度与显示度，进而带来无形资产等间接经济效益。保护区可以争取国家投资和贷款，风景名胜区可以开展旅游，森林公园可以进行综合开发，这都是有效益的事，因此同一块区域难免重叠设置自然保护区、风景名胜区、森林公园等，实际上是想将方方面面的可利用资源一网打尽。
当然，应全面认识这个问题，在2004年的第五届保护地大会（德班大会）对保护地管理类别系统的建议之中，其中的建议J允许保护地拥有一个以上的类别，因为有些保护地中的某些地区可以被合法地定义为不同的管理目标。[6]尽管如此，为追求部门和地方利益造成的保护区域的重叠是应当避免的。在缺乏协调的情况下，冲突的管理机构、管理方法将带来很多问题。事实上，表面的部门间协调并不能使问题改观。
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