(一)贯彻全面取证原则
我国《刑事诉讼法》第89条规定：“公安机关对已经立案的刑事案件，应当进行侦查，收集、调取犯罪嫌疑人有罪或者无罪、罪轻或者罪重的证据材料”。该条被认为是侦查机关全面取证的立法依据。然而，在司法实践中该法律规定的实施却走了样。侦查机关倾向于收集犯罪嫌疑人有罪、罪重的证据，急于印证犯罪事实，而忽视收集无罪、罪轻的证据。取证活动线条粗，细节证据的固定有所欠缺，如现场勘查和调查访问工作粗糙，应该发现提取的痕迹物证和其他证据未能发现和收集;笔录制作粗疏，对案件被害人、证人的询问和对犯罪嫌疑人的讯问，常常抓不住重点，对很多重要事实情节不作细节化、具体化的固定，满足于获取犯罪嫌疑人供述，而忽视收集其他证据等等。在这种取证方式下，侦查人员很难全面发现案件的疑点，很难对自己的侦查结果进行严格地检验。因此，应加大力度贯彻实施全面取证的原则。要求侦查机关对已经立案的刑事案件，都应运用各种侦查方法进行全方位取证，将讯问犯罪嫌疑人、询问证人、调查访问、现场勘验、搜查、扣押、鉴定等方法结合起来，并尽可能地做到细致、周全，而不能仅有几项证据相互印证便草草结束侦查。只有这样才能尽可能地发现疑点，并通过进一步侦查取证不断加深对案件事实的认识，保障移送审查起诉的案件达到排除合理怀疑的标准。
在全面取证过程中，可以从以下方面寻找疑点。例如：1.是否有犯罪时间;2.是否有犯罪动机;3.是否有作案能力;4.现场指纹、足迹、毛发或其他微量物质是否与犯罪嫌疑人的同一;5.相关痕迹或其他微量物质是否受到污染;6.作案工具与致害伤口是否吻合;7.犯罪嫌疑人的供述是否具有一致性，是否符合经验法则;8.证人证言是否具有真实性，对于证人证言的怀疑可以从证人的名声、感知、记忆和表达能力、利益或者提供证据的方式中产生，比如表现出怨恨或偏见，可能给人留下“值得怀疑”的印象;9.证据的收集、保管是否符合法定程序;10.鉴定中使用的仪器设备是否性能完好，检材的数量、形状是否符合要求;11.证据之间的矛盾是否能够合理排除;12.证明案件事实的证据是否能环环相扣，组成完整的证据链等等。
(二)公安机关应分别设立侦查部门与预审部门
1997年6月，全国刑事侦查工作会议决定，“对公安机关侦查预审分设的工作体制进行改革，实行侦审一体化”，即：撤销预审机构，并入侦查部门，侦审合并。侦审合一从宏观上实现了侦查、办案的一体化，缩短了办案周期，在一定程度上提高了司法效率。然而，“侦审合一”后，侦查部门负责整个案件的全部侦查工作，包括从立案到移送起诉，原先由预审部门对整个侦查程序所进行的监督功能难以实现，导致公安机关办理的刑事案件“批捕率”下降，“退补率”上升。
