其次是环境污染。漓江山水旅游带来当地经济发展的同时，各种污染引起了环境的恶化和生态系统的破坏。在桂林市，光引起排污的餐饮业就有3000多家，其中还不包括排污企业。目前桂林市区有5个污水处理厂，每天实际处理的污水为13.8万吨，仅占排污总量的40%。漓江流域各县、镇都无污水处理厂。各县城、乡镇都不同程度地在沿江两岸过度开发旅游、餐饮业。水库和上游进行网箱养殖，引来水体富营养化。除了水葫芦疯长，福寿螺也从兴安至阳朔沿江疯长。漓江流域面临生态恶化和物种灭绝的巨大风险…… [4]桂林市政府对漓江污染治理还是很重视的，1984年桂林市人民政府就漓江列入城市总体规划，先后制定和实施了《关于加强漓江旅游船排污管理的暂行规定》、《关于加强漓江游船餐饮的管理规定》等一系列措施，从管理制度上严格规范，杜绝污染源的产生。同时投入大量资金整改污染治理的硬件设施，保护漓江水质。经过30多年的综合治理，漓江水环境质量明显提高，上游干流、支流和阳朔境内段漓江水质良好，均符合《
地表水环境质量标准》有关要求。但由于涉及多个部门对漓江“齐抓共管”，国家法律对环境管理责任承担又不明确，环境管理难以协调，漓江污染源治理也就难以根绝。比如说，漓江的船舶污染，属于海事部门管辖，但也归环保部门管。漓江沿岸开河口、挖沙等行为，除了归水利部门管，矿产部门也“有份”…… ，“多头管理”导致难执法。再如:按照法律规定，设区的市要进行规划环保评价，可在企业没有进行环保评价的时候，就出现卫生、工商就已发证，银行也早已放贷的情况。如果企业造成环境污染，就无法确定由谁来承担责任。
第三，国家环境管理与公民环境权的协调问题。什么是环境权？1969年的美国《国家环境政策法》第3条规定：“国会认为， 每个人都应当享受健康的环境，同时每个人也有责任对维护和改善环境作出贡献。”1970年在东京召开关于公害问题的国际座谈会，会后发表的《东京宣言》第5项指出：“我们请求， 把每个人享有其健康和福利等要素的环境的权利和当代传给后代的遗产应是一种富有自然美的自然资源的权利，作为一种基本人权，在法律体系中确定下来。”环境权首次得到国际上的承认是在1972年6月联合国召开的人类环境会议， 会议通过了《人类环境宣言》。 1972年6月联合国召开的人类环境会议，会议通过了《人类环境宣言》。该宣言宣布：“人类有权在一种能够过尊严和福利的生活环境中，享有自由、平等和充足的生活条件的基本权利，并且负有保护和改善这一代和将来的世世代代的环境的庄严责任。”从这些国际性文件看出，公民环境权是一种新型的权利，它的实现需要国家的积极给予和作为。桂林市民和游客在享受漓江风景时，应该遵循政府对漓江保护的规定。另一方面，政府也要为市民和游客服务，公民有享受他们环境权的资格。可在现实生活中，这二者有时难以协调。例如，景区对市民与游客收费标准的协调，居民生活排污与景区环境保护的协调，景区软硬件建设与居民住所迁移的协调等诸多问题，这都是发展漓江生态旅游必须考虑的问题。
