就辩护权保障而言，秘密侦查带来的威胁更加明显。秘密侦查的采用严重限制了辩护律师的作用：在审前阶段，主动型侦查的采用使得大部分起诉所需的证据在逮捕之前，已经收集，逮捕之后方才介入程序的律师对此前发生的各项侦查行为、所获得证据一无所知；尽管在英美法系国家存在证据开示制度，但控方往往将秘密侦查的情况根据“公共利益豁免”的例外不予开示，在大陆法系国家，秘密侦查措施的采用往往也不归入卷宗，法官与辩方对秘密侦查的情况也无从得知。[11]辩方掌握的信息严重不足导致律师的作用大大受限，而且在前瞻性侦查进行的过程中，侦查对象在毫不知情的情形下，在不可能拥有律师帮助的孤立无援的状态中，自我辩护更加无从谈起。辩护权受限的另一体现是庭审时由于秘密侦查人员往往不出庭作证，质询证人权利不能有效行使，这一问题也涉及到质询不利于自己的证人的权利问题。
就质询反对自己证人的权利而言，侦查机关出于对秘密侦查行为的实施者、卧底者的保护，出于侦查策略的保密，往往不愿令其出庭接受辩方的质询。许多国家创设了若干替代性作证方式，如指挥秘密侦查的警察出庭代替秘密侦查实施者出庭作证、通过声音处理设施、法庭隔离装置作证、匿名作证等方式。欧洲法院曾就匿名作证问题作出裁决，认为对秘密侦查而言，只要能够保障辩方质询权的行使的机会，匿名证人不出庭作证也是可以接受的。[12]此外如果秘密侦查的结果并没有形成证据，而仅仅是获得了有关线索进而获得了可以公开使用的证据，控方就没有必要告知辩方、乃至法官该秘密侦查行为曾经存在，在这种情形下，辩方对该侦查行为的合法性根本无从质疑。[13]
（二）对侦查员人身安全与心理健康的威胁
秘密侦查本身对于侦查人员的人身安全与心理健康都存在着巨大的威胁。从乔装侦查而言，侦查人员孤军打入黑恶势力圈中，在犯罪圈的污秽环境中寻求证据，稍有不慎，导致身份泄漏，后果是显而易见的。即使是在案件侦查结束后，为防止犯罪组织的打击报复，多数国家都要求秘密侦查员的身份原则上不予公开，在通常情形下，不会使用秘密侦查人员取得的证据，而是将其作为线索或者情报去搜集其他证据，这种证据使用方面的策略主要目的之一就是保护秘密侦查员的人身安全。
除了人身安全之外，巨大的心理压力也是秘密侦查过程中侦查人员所面临的重要挑战。对秘密侦查员心理健康的不良影响体现在以下四个方面：其一长期地生活在社会的阴暗面，与犯罪分子交相为伍，一方面对于以侦查犯罪为使命的侦查人员而言，无疑是一种心理上的巨大折磨，长期的生活在犯罪环境中需要不断地使用欺骗维持自己的虚假身份，长期的非自我地生活在世界上本身就是一种巨大的心理折磨。[14]其二，另一种可能性在各国的侦查实践中也经常发生，侦查人员或者线人“反水”，经不住犯罪的诱惑，自身参加了犯罪，由侦查人员成为了犯罪人员。[15]其三，秘密侦查人员在执行秘密任务的过程中，势必被要求与家庭隔绝，甚至在很多情形下，需要欺骗自己的家人与朋友，需要与原有的正常的社会生活环境隔离。对于从事监控型侦查的人员而言，由于其一般不会与犯罪分子直接接触，人身安全以及受犯罪环境的影响比乔装侦查人员要小得多，但由于其往往是秘密地长期地监控犯罪侦查对象，自身长期处于封闭隔绝的环境中，这种孤独与隔绝带来的心理空虚是监控型秘密侦查人员面临的最为重大的心理威胁。这种隔离状态给秘密侦查员心理上带来的消极影响是十分巨大的；其四，许多秘密侦查人员在执行任务的过程中患上了心理疾病，而不能继续执行任务或者在任务结束后，难以恢复正常人的健康心理、恢复其原有的社会角色而不得不离开警察队伍。长期生活在污秽、阴暗的社会黑暗面中，秘密侦查员多少会形成一些“适应性”与“习惯性”，在秘密侦查结束后，这种惯性的生活方式在心理的作用下，往往很难一时转变，使得其很难适应正常的社会生活。[16]
