此外，何谓基本的犯罪事实，各地理解和掌握并不一致，虽然一般理解为是构罪事实，但也有地方将其扩大到影响定罪量刑的一切案件事实，只要行为人对案件事实(不管是定罪还是量刑事实)有所辩解或者否认，就是被告人对基本犯罪事实有异议，进而被斥之为拒不认罪。被告人在同意简化审的情况下，为了争取一个好的态度，就不敢再作任何辩解。
第四，被告人简化审后应获得的对价不能完全得到兑现。根据《若干意见》，对自愿认罪适用简化审的被告人，酌情予以从轻处罚。“酌情”，说明不是必须考虑而是司法人员灵活掌握的酌定情节：“从轻处罚”，说明从宽的幅度必须在法定刑的幅度以内。就实务而言，简化审后的处罚可谓宽严两重天。对处罚幅度较大的犯罪而言，简化审的从宽处罚效果大都得到了比较明显的体现，如被告人挪用公款，数额巨大，应处5年以上有期徒刑，正常审理的情况下，被告人可以处10年有期徒刑，简化审可能处7～8年有期徒刑。其作用堪比自首或者立功等法定量刑情节的效果。但对于从宽处罚的幅度余地不大的犯罪而言，除了提高了司法机关的诉讼效率外，被告人根本就得不到“实惠”。例如，被告人涉嫌受贿10万元，在无其他法定从宽量刑情节的情况下，即使适用简化审程序，仍要判处10年有期徒刑，与不适用简化程序所判处的刑罚恐怕没有什么区别。对这样的判决结果，适用简化审的被告人难免有“上当受骗”之嫌。可见，简化审得不到实体法的响应，其效果是有限的，并可能形成新的不公平。
第五，被害人权利在简化审中被忽视。刑事案件的被害人一般情况下都有一种天然的复仇心理，被害人是刑事矛盾的一方，国家不是或者不完全是被害人的代理人。目前适用的《若干意见》对被害人在简化审中的权利缺乏应有的关照，造成简化审的情况下，往往排斥了被害人及其代理律师的参与(如证据开示)，庭审的简化，又无法全面了解案情，极易使被害人产生对司法机关公正性的怀疑，甚至引发新的社会矛盾，其从宽处罚的社会效果难以实现。
二、简化审制度的完善
虽然简化审存在着诸多问题，但面对持续的犯罪高峰、司法资源的相对短缺，简化审的效率也是明显的，取消简化审的吁求是消极的，也是不现实的。积极的做法应该针对简化审薄弱环节，设法加以完善。我以为，简化审的完善可以从以下几个方面着手:
第一，完善庭前证据开示制度。简化审的前提是控辩双方信息对称，故应有证据开示的庭审前置程序保证，如果没有充分的证据开示，不宜进行简化审，辩护律师也不应同意简化审。只有在证据开示以后，辩护律师和被告人对开示的证据无异议，才能确定“被告人对指控的基本犯罪事实无异议”。证据开示应包括以下内容:(1)控方起诉时应向法院提供全部证据材料，辩护人可以不受限制全部复制。(2)证据开示应该是双向的，辩护人开示时所掌握的辩护证据，用不着刻意隐瞒，更不必作证据突袭打算。(3)目前的证据开示被告人并不参加，而被告人作为案件的当事人，对行为的有无以及具体细节是最清楚的。所以，应通过辩护律师将证据开示的材料向被告人开示，听取被告人对相关证据的意见，以确定对基本犯罪事实无异议。
