反垄断法与知识产权法分处两个不同的领域，但都属于各国的基本经济政策和法律制度，两者之间的关系比较复杂。一方面，两者在总体上存在一致性。首先，两者均具有促进竞争和推动创新的基本功能。反垄断法的基本目标是反对垄断，维护市场的自由公平竞争，以维护经济活力，这就要求并保障经营者之间开展正常的竞争以寻求新的创新之路，为创新提供压力，同时防止取得支配地位的企业损害和阻碍创新；而知识产权法则通过授予和保护经营者重要但有期限的独占权来奖酬其在创新上的投资，为创新提供动力，同时维护公平的市场竞争秩序。其次，两者均具有保护消费者利益的目的和功能。反垄断法通过保护和鼓励竞争来保护和实现消费者的福利；知识产权法不仅通过鼓励创新、促进经济发展在总体上增加消费者福利，而且通过对具体市场上的假冒等侵犯知识产权行为的制止和制裁来使消费者免遭交易中的损害。因此，反垄断法和知识产权法在促进竞争、推动创新和保护消费者方面存在着一致性。认识这种一致性，进而妥善处理两个法律领域之间的关系是十分重要的，这既涉及不同法律之间在宏观上的衔接和协调，更直接关系到实践中具体行为的认定和处理。正是基于这种一致性，反垄断法就要尊重和保护正当的知识产权行使行为，这时对竞争的某种限制就应当视为国家实施知识产权制度以鼓励创新的必要代价，因此“经营者依照有关知识产权的法律、行政法规规定行使知识产权的行为”，不适用《反垄断法》。
但是，反垄断法和知识产权法在具体方面又表现出差异，甚至可能形成某种冲突。仅从表面上看，两者就差异明显，因为反垄断法是反对垄断和保护竞争的，而知识产权法恰恰就是授予和保护某种对竞争进行限制的权利的。虽然这种表面上的不一致并不必然带来它们实际上的冲突，但它确实蕴含着这种冲突的可能性。两者之间的实际冲突不是由于知识产权的拥有本身引起的，而是由于知识产权的具体行使行为引起的，并且是知识产权的不正当行使（滥用）行为引起的，即知识产权权利人在行使其权利的过程中超出了法律允许的范围或者正当的界限，不正当地排除、限制了市场竞争。在这里，区分知识产权的拥有和知识产权的行使以及知识产权的正当行使与不正当行使是非常必要的。知识产权的拥有本身并不必然导致与反垄断法的冲突，而且知识产权的正当行使也不会产生与反垄断法的冲突，然而，知识产权权利人不正当行使其权利，并且排除、限制了市场竞争，就会导致这种冲突。实际上，区分知识产权的拥有与知识产权的行使是反垄断法对待知识产权问题的基本原则和逻辑。例如，在美国微软垄断案中，微软公司提出其受到指控的行为是行使其依法获得的知识产权（著作权）的抗辩未被地区法院所接受，法院指出微软受著作权法保护是从来不受怀疑的，但微软将版权作为不法垄断的手段，故须适用反托拉斯法。欧共体委员会和欧洲法院也是明确区分知识产权的“存在权”与“使用权”的，并指出对知识产权的“使用”仍应受到欧共体条约有关竞争规则的约束。2004年3月欧共体委员会对微软垄断案的处理决定以及2007年9月欧洲初审法院的判决也表明，微软利用保护知识产权的抗辩同样没有得到欧共体竞争执法机构和法院的认可。
