因此，目前部分学者主张由被告人承担举证责任的观点与我国现行的刑事诉讼模式之间是存在着理念和程序方面的冲突的，而对于如何调处这一冲突，学者们并没有给出合理的解决方案。有学者认为被告人提出积极抗辩却由法官依职权调查取证，无疑是让法官承担举证责任，而这与当事人主义诉讼模式下举证责任的理念是相悖的。近年来司法实务部门推行的审判方式改革，与上述传统证据理论与实务发生了激烈的碰撞，因为审判方式改革的重要内容之一就是对法官的角色进行重新定位，还控诉职能于原告一方，法官应当保持不偏不倚居中裁断的地位，而法院保留进行庭外调查的权力，仍承担着搜集证据的责任，就使法院丧失了裁判的中立性，因而主张改革甚至废除法官依职权调查证据的规定，进而确立当事人主义诉讼模式的举证责任分配制度。[31]但是，这里有个认识上的误区，即上述论者认为法官只要参与证据调查即丧失了裁判的中立性。笔者在前面已经指出，对于法官的中立性问题，两大诉讼模式持有完全不同的认识和理念，当事人主义诉讼模式强调法官消极中立，而职权主义诉讼模式则强调法官积极中立。在职权主义诉讼模式看来，法官积极中立、主导证据调查，是发现案件真相的最佳方法，法官的中立性最终体现在其对案件真相的公正揭示，而积极调查取证并不必然导致法官中立性的丧失。据此，笔者认为，两大诉讼模式在被告人是否承担举证责任方面存在着不同的认识，其背后隐藏的是两大诉讼模式关于刑事诉讼目的和性质的不同认识，这是一个价值选择问题，很难作出孰优孰劣的判断。因而，我国现行的职权主义诉讼模式并非像前述学者所称的完全不符合诉讼法理，而改革我国现行的职权主义诉讼模式，废除法官依职权调查证据的规定，涉及我国刑事诉讼模式的全面转型，这是一个更为宏大的理论话题，更需详细论证、谨慎抉择。
另外，从证据法理上讲，在当事人之间进行举证责任分配，还必须充分考虑当事人双方的举证能力。当事人主义诉讼模式之所以将积极抗辩的举证责任转移由被告方承担，与其实践中被告方拥有较强的举证能力有关。英美法系国家实行当事人主义诉讼模式，强调案件事实的真相应当通过当事人双方的对抗性求证活动来发现，为此，依据“平等武装”的原则赋予被告方较强的私人取证能力，以同检控方展开势均力敌的对抗，被告人在刑事诉讼中既可以通过其聘请的律师取证，也可以通过其聘请的私人侦探、民间鉴定人等参与取证，这些举措有效地保证了被告方拥有较强的取证和举证能力。而我国目前的现实状况是，众所周知，被告方的取证和举证能力是相当弱的，所谓取证、举证活动，基本上是由控方开展的，而被告方往往只是通过阅卷从侦控机关收集的证据中筛选部分对自己有利的证据。在目前这种取证能力极不对等格局下，如果将积极抗辩的举证责任转由被告人承担，将导致被告方的举证不力，造成一种实质上的不公平。因此，在被告方的取证、举证能力未通过刑事诉讼结构调整得到实质性提升和改观的背景下，笔者反对采用当事人主义诉讼模式通过举证责任转移的方式来处理“幽灵抗辩”。
