然而，行政许可说存在不能解释专利法的情形。第一，各国专利法仅将专利授权结论作为权利有效的表面证据（prima facie)，而非最终效力。有些国家的法律如印度专利法第13(4）条甚至明确规定：“专利授权所进行的审查并不视为对专利最终效力的保证，中央政府或任何与专利审查、公告及附随行为相关的官员均不承担任何责任。”[6]采不审查制和文献报告制国家的专利机关同样不承担专利有效性的保证责任。如采行政许可说，则行政机关之裁量应受比例原则、诚实信用原则和信赖保护原则的拘束，否则即为裁量逾越，属违法之行政行为，[7]因行政违法而致行政相对人损害时，行政机关因其错误行为将产生相应的法律责任。专利审查部门如对不符合专利法规定的条件的发明授予了权利，从而导致有人因此被控侵权而受到损失，则自应承担法律责任。然而，我国专利审查部门从未因此而承担过国家赔偿。这甚至与我国物权法建立的物权登记制度相比都存有迥异之处。第二，将专利授权行为视为行政许可行为，仍属于将专利权视为特许权思维的延续。专利权由封建特许权发展而来，最初，专利权的授予源自国王的特许，是使被许可人受经济和思想控制的一种手段，尽管使被许可人免受行会章程的限制，但并不是现代意义上的独占权。在该种制度安排中，专利授权行为是君主的恩赐，确属行政许可行为，非经许可，不享有特定利益。然而，自欧洲第一次工业革命以来，专利权性质发生了根本性变化，将专利权视为民事权利成为共识。专利授权行为只是行政机关基于发明创造而确认和保护权利人独占权的行为。国家角色发生了转换，如果仍将专利授权行为视为行政特许，与现代专利法的合法性理论不符。第三，将专利案件按行政、民事来划分管辖权的做法，建立在公法、私法两分法的理论基础之上，也是建立在专利授权行为系行政许可行为的理论基础之上。按行政许可说，专利审查部门为专职部门，法律将专利授权的专项权力授予该行政机关，因职务行为具有专属性，其关于专利授权的行政处分不论在事实确认或法律效果之形成等方面，其他国家机关原则上应受其拘束，故其司法审查只能由行政法院或行政庭受理。[8]但是，专利案件分别由行政法庭和民事法庭来处理的做法遭致批评。如果将专利授权行为视为行政许可行为，则普通法院对专利效力问题无权审查，本可有效矫正因无效专利的授予对社会利益和自由竞争的侵蚀，但被控侵权人因制度设计的原因而须借助于程序复杂的专利无效之行政复议及诉讼程序。当然，人们可能担心大量审理专利的普通法院标准不一，导致法律秩序混乱，降低专利法对专利权人的激励作用，但笔者认为，完全可以在举证责任中设置统一标准，避免这一问题的出现。正因此，我国有学者主张建立统一的知识产权法院。[9]实质上，有些法院如广东省高级人民法院建立了知识产权庭而统一受理知识产权案件，避免了这些问题的产生。我国台湾地区于去年建立了统一的知识产权法院，不再区分专利系争是行政性质还是民事性质。[10]
