税收优惠政策的积极效应，往往不是立竿见影的，而需要经过一系列的利导效应传递，在一个相对较长的时间内显现出来。因此，虽然适度的税收优惠政策能够促使东道国经济的良性运行，从而扩大税基，弥补税收收入的不足；但是，由于财政手段的作用都有一定的滞后性，在短期内，税收优惠政策的实施必然会对税收收入造成不同程度的负面影响。
在政府支出的“刚性”增长情况下，税收作为最主要的无偿收入的减少，就意味着有偿收入的增加，如国债发行量的扩张，国债发行的持续扩张很有可能引发债务危机，使一国财政状况陷入泥潭，最终将对国民经济的发展产生阻碍，这就背离了税收优惠政策实施的初衷。
（2） 导致税负的不公和对本国民族工业的抑制
所谓的“减税”，实际上是某一种税收的收入减少，往往以另一种税收的加征为代价，这就会导致税负的不公平。
这种税负不公首先体现在不同税种间的不公平。如果国家降低了某一税种的税率，为避免税收收入过度“缩水”产生的负面效应，往往会采取相应的措施从另一税种中增加税收，如提高税率、增加应纳税项目、减少扣除项目等等。这样就会造成不同税种主体间税负的不公，对没有享受税收优惠或优惠较少的税种的纳税主体将造成实际的损害。
其次体现在在国内外纳税主体间的不公平。如果对国外企业实行低税率的优惠，对于同样作为生产者的本国企业而言，在其它生产成本相同的情况下，本国企业的总成本就大大高于外国企业，利润空间就远小于外国企业。于是，外国企业便得以发挥其价格优势，消费者往往会选择物美价廉的外国产品，逐渐造成在某些行业本国企业慢慢被排挤乃至退出，使得这一行业处于外国企业的垄断之中，最终损害国民经济的整体发展。
（3） 引发本国资本外逃
本国资源所有者对于外国东道国而言是外国投资者，在各国普遍采取税收优惠政策的情况下，本国的流动经济资源所有者也会根据各国不同的税负选择自己的投资方向，如果在国内遭到了不公平的竞争待遇，而外国政府又提供了优惠的税收政策，本国投资者在其利益驱动下，就必然会选择去他国投资，于是造成了本国资本的流失。本国资本的流失加之外国资本的大量流入，长期持续下去将使本国经济缺乏内源性基础，过分依赖外国资本投入，丧失经济独立性。
鉴于税收优惠政策在国际税收竞争中的诸多优势和弊端，各国都根据本国实际情况，扬长避短的实施了各具特色的税收优惠政策。
