我国的环境行政处罚与民事责任相互分离。在污染防治领域，违法排污者只交纳罚款，并不承担给社会造成的经济损失。由于罚款数额较低，企业往往宁愿交纳罚款，也不愿意治理污染。对此，有专家提出实行按日计罚，[12]以大幅度提高罚款总额。但此举可能引起以下问题：一是可能使相对人对环境执法更加反感和抗拒，认为行政机关旨在牟利，是利用权力变相敛财，因为罚款的用途、数目决定等程序并不透明；二是提高罚款加大了寻租空间，在人情盛行、腐败普遍的情况下，可能只是提高了官员们与相对人讨价还价的砝码；三是对于一般的超标排污来说，处罚可能过重，使得企业经营困难甚至破产，影响经济发展和社会就业；四是动辄提高罚款未免简单粗暴，不利于改善与相对人的关系和行政机关的执政形象。对于重大的环境污染事件而言，即使按日计罚也难以弥补造成的巨额损失，[13]且事发突然，时间举证上存在困难。美国虽然也有按日计罚的制度，但美国社会对法律、环境保护的认同程度，行政机关自律和他律的状况都与我国差别甚大。因此，不如加强对污染者的民事责任追究，由监管部门在行政处罚的同时提起赔偿诉讼，要求污染者支付超标排放部分的污染治理和环境恢复费用。这一则可以弥补行政处罚金额的不足，让污染者付出更大的经济代价，使其违法行为在经济上不可行；二则在民事审判中，行政机关和污染者法律地位平等，双方可以就赔偿的数目、理由、方式相互辩论、质证，这样结果就可能更为公正，由于过程公开、透明，相对人也更容易接受；三则可以为环境损害筹集资金，用于恢复环境、救济受害人，真正体现“谁污染，谁负责”的原则。该制度也可以在自然资源开发利用领域适用，一旦开发活动导致生态破坏，相关部门就可以提起民事诉讼，要求开发者恢复环境，或者支付环境恢复费用。这比单纯提高罚款显得更为公正合理。
目前环境行政处罚和民事赔偿诉讼的联动尚存在一定困难。除《海洋环境保护法》规定“对破坏海洋生态、海洋水产资源、海洋保护区，给国家造成重大损失的”，可以由相关部门代表国家对责任者提出损害赔偿要求外，其他法律尚无类似规定。2007年《侵权责任法草案专家建议稿》第118条第3款规定：因污染环境给国家造成损害的，由相应行政主管部门代表国家对排污者提出损害赔偿要求。这样，环境行政处罚与民事赔偿诉讼结合的可操作性就大大增强，而且检察机关早已开始了环境民事公益诉讼实践。[14]但笔者不同意将上述诉权授予检察机关，因为环境资源问题大多涉及专门领域，在证据收集、专业知识上行政部门显然更有优势。检察机关适宜在行政部门不履行职责时提起公益诉讼，这也更符合它的法律监督者身份。就《侵权法草案》来看，各环境资源管理机关的原告地位和分工仍然不明确，需要在修改《环境保护法》的时候做出更加详细地规定。为方便民事诉讼的顺利进行，新法将来修订时还应对环境损害进行界定，将生态损害纳入赔偿范围，规定生态损害的计算方法，如可以包括防范性措施费用、清除措施费用、修复性措施费用、附带损失和象征性损害。[15]
