5.申请定密
有时，享有定密权的官员以外的人士会觉得某些未加密的机关资料应当保密。针对这种情况，该总统命令规定，当政府雇员、政府合同的相对人、政府许可的持有人以及受行政机关授权的相对人等，相信他们产生的信息应当保密时，他们应当先根据该命令及相关指导性文件对这些信息进行事实上的保密，然后立即提交给有保密权的机关保密。如果当事人不知道什么机关有权对相关信息保密，他们应当把信息提交给信息安全监督办公室（Information Security Oversight Office，简称ISOO，ISOO在美国的保密制度的运作中是一个非常重要的部门，在下文还要对其进行介绍），由它来决定怎么处理。[20]
6.保密期限
如果对信息设密时，设置无限期的保密期限，实际上就对该信息的利用判了死刑。在美国保密制度的历史上却的确发生过这种情况。1982年里根总统的总统命令[21]就规定，只要国家安全方面的考虑有需要，就应当对相关信息进行尽可能长的保密。不过如果可以决定的话，原始定密机关应当在原始定密时决定解密的时间和事件。但是，该总统命令产生于冷战愈演愈烈时期，事出有因，情有可原。
里根总统的规定现在已经被克林顿的总统命令中的规定所取代。它规定，相关机关在进行原始定密时应当规定解密的时间和事件，而且它不能超过本命令所规定的最长的保密期。当这一事件发生或这一时间到来的时候，相关信息将自动解密。如果相关机关不能决定这一保密期的话，可以注明在10年后自动解密。如果定密机关认定该信息属于敏感信息的话，可以注明25年的保密期。[22]
7.选择性保密
一份保密文件有可能并不是所有的信息都是需要加密的，因此该总统命令规定，在加密文件上应当注明那些信息需要保密、哪些信息不需要保密。不过经过ISOO同意，可以免除这种标注的要求。[23]
8.禁止保密的情况
显然，在保密制度的运作中，行政机关的自由裁量权很大。庞大的官僚机构有时会让总统也觉得无力控制。因而，该总统命令规定，保密的权力不能用来掩盖违法情况、行政活动的低效性以及它们的错误，不能用来阻止会使某一个人、组织和机关感到窘迫的情况，不能用来限制竞争，不能用来阻止或限制与美国国家安全利益无关的信息的公布。[24]
9.重新保密
信息公开以后，如果在国家安全方面有新的需要，通过机关首长或副首长以书面形式决定，而且该信息可以合理地重新获得，并且立即向ISOO报告的话，可以进行重新保密处理。[25]而且此前没有公开的信息，如果掌握该信息的机关收到公民的基于信息自由法以及其它法律的公开请求时，可以当时进行加密。[26]
（二）解密
一般来说，一项规定保密制度的文件，在规定了与定密有关事项后，就会规定如何对保密信息进行保护。但是该总统命令的第二部分却规定了对保密信息进行解密的内容。这反映出行政机关，尤其是面临强大政治压力的总统在尊重信息自由上的一个高姿态。
首先，根据该总统命令所规定的最长25年的保密期，任何保密期已经超过25年的信息和具有永久历史价值的资料[27]都将在2006年12月31号自动解密。其它保密信息则要在对它进行原始定密后的第25年的12月31日自动解密。[28]不过前面也提到了，行政机关在原始定密时可以规定一定的时间和事件，当该时间到来或该事件发生时，相关信息应当自动解密。当这种方式规定的期限比25年短时，自然要适用这种较短的期限。当然，25年的期限规定有可能还是不能满足于一些特殊信息的保护要求，所以该总统命令规定，在9种情况下，[29]行政机关可以通过总统安全事务助理向总统请求对有关信息进行更长时间的保护。[30]同时，该行政机关还要将此决定通知ISOO。[31]
为了加强保密机关的自我约束，该总统命令规定每个保密机关都要建立制度化的解密审查制度，在收到解密审查的请求时，它们要按照这一制度的规定审查是否应当解密，对已经不符合保密要求的信息和资料进行解密。[32]
（三）保密信息的保护和利用
保密信息并不是只能在文件柜里被越来越厚的灰尘覆盖而绝对不能公开，对保密信息的适当利用能够最大程度地减少保密制度对信息自由的损害。在利用保密信息上，该总统命令规定，如果某行政机关首长或他指定的官员同意，本人也签署了保密协议，并且实际掌握相关保密信息和资料的人员认为该申请人有使用该资料的需要的话，就可以允许该申请人使用资料。[33]但是，除非得到了原始定密机关的同意，一个机关不可以公开由其它机关定密的资料。[34]这样，要使用一份保密资料，通常情况下需要两位官员的同意，有的时候还需要三位官员的同意。而以前想接触保密资料只要由定密机关同意就可以了。这是克林顿总统的一个新规定。[35]在使用保密资料的过程中，没有正当的授权，相关资料不能带出政府的建筑。[36]国务院、国防部、能源部和中央情报局以及得到总统批准的行政机关，对于一些特别敏感的信息还可以建立特殊的利用程序[37]以进一步限制信息的公开和利用。
