其一，扣押与被追诉人财产权的关系。扣押所干预的财产权主要是被追诉人的所有权，即对财产的占有、使用、收益、处分等权利。其中，扣押将使原权利人丧失对财产占有和使用的权利。占有是指实际掌握、控制的权能。使用则是指按照物的性能和用途对物加以利用，以满足生产生活需要的权能。享有物之使用权能，必定同时享有物之占有权能。扣押使财产转由扣押机关占有，在法律上将会产生禁止原权利人继续占有和使用的效力。其次，原权利人将丧失对财产处分的权利。处分指的是依法对物进行处置，从而决定物的归属的一种权能。扣押在法律上将产生禁止对被扣押物处分的效力。“扣押不仅是促成公法上交错缠绕的关系，以及公家对动产之保管——公法上的保管关系，尤其正因此而有民法第136条所规定的相对性的让与禁止。”[4] 即使财产所有人与他人达成民法上的转让协议，其效力也不能对抗刑事扣押所产生的法律效力。

　　但是，原持有人仍然享有对财产的收益权、赔偿请求权等权利以及接近、拍照、复制扣押物的非财产性权利。扣押并不禁止收益，原权利人仍然有权获取被扣押物派生的孳息。这里的孳息包括天然孳息（被扣押的果园结出的果实）和法定孳息（如存款的利息）。除非法院最终判决剥夺权利人对原物（即被扣押物）的所有权，否则，在返还扣押物时，应当将原物连同孳息一并返还。

　　通过上述分析，我们发现对犯罪嫌疑人的财物进行扣押会影响其相应的占有、使用、处分等权利的正常实现。对于合法的扣押而言，由于追诉犯罪的需要，这种影响有了正当的根据和理由。但是，如果侦查人员违法进行扣押，任意扩大扣押的范围，对与案件无关的公民合法财产实施扣押或者对扣押物品没能妥善保管，造成其灭失甚至是非法挪用、侵吞扣押物品，将会给被追诉人的财产权利造成严重的侵害。

　　近年来，人权保障理念在我国已经逐渐深入人心，但无论刑事诉讼理论研究还是立法改革较多地关注了对被追诉人人身权利的保障，对于被追诉人财产权利的保障重视不够。随着我国对私有财产权保护的意识不断加强，完善扣押程序、加强对被追诉人的财产权保障就显得尤为必要。

　　其二，扣押与善意第三人财产权的关系。如果涉案财物仍在罪嫌疑人控制和掌握的范围内，侦查人员可以直接对其采取刑事扣押措施。但是，如果相关财物已被其通过一定方式转让给了第三人，那么此时侦查人员能否向受让的第三人进行扣押呢？

　　众所周知，民法领域有善意取得制度，即原占有人将其无权处分的财产转让给第三人，如果受让人取得该财产时出于善意，则受让人将依法即时取得对该财产的所有权或其他物权。根据善意取得理论，犯罪嫌疑人、被告人将其通过犯罪行为取得的财产转让给善意第三人，那么受让人就将取得该财产的所有权。此时问题的焦点就转移到这种所有权能否对抗以追诉犯罪为依据的刑事扣押权。关于这个问题，有学者认为，基于维护交易安全、保障市场流通顺畅的考虑，应当把善意第三人的所有权放在优先的地位。[5]笔者同意这种观点，即在这种情况下，应当优先考虑保障善意第三人的合法财产权。虽然这种做法影响刑事扣押的顺利进行，但也不能把这种后果转嫁到没有过错的善意第三人身上。优先考虑保障善意第三人的财产权有利于维护商品交换的正常秩序，有利于充分发挥物的经济效用，有利于整个社会经济秩序的稳定。

　　虽然在适用扣押时要优先保障善意第三人的财产权，但也应当明确适用善意取得制度的基本条件。一是受让人取得财产时出于善意。善意是指不知情，即不知道或不应当知道让与人转让财产时没有处分该项财产的权限。二是转让人必须为无权处分财产的人。三是善意取得的财产必须是法律允许流转的财产。四是受让人必须是通过交换而取得的财产。五是转让人已经将标的物交付给受让人。

　　在实践中如何判断“善意之真假”是一个很难把握的问题。这里主要涉及两个问题：（1）善意的确定。由于善意只是受让人接受财产时的一种主观心理状态，因此确定受让人是否是善意需要根据客观情况进行判断，一般来说主要考虑以下几个因素： a.受让人在交易时是否已知道转让人为无权处分人，如果受让人以前曾与转让人进行过系列交易或与转让人非常熟悉，表明其知道或应当知道转让人对交易的财产不具有处分权，因此在转让时不能认为是善意；b.考虑交易的价格。如果受让人以明显不合理的低价受让财产，那么可以推定其不具有善意；c.考虑交易的场所和环境。如果受让人是在非公开的市场，尤其是在“黑市”购买的二手货，则表明受让人可能是非善意的；d.考虑转让人在交易时是否形迹可疑。（2）举证责任的分配。一般认为，善意取得的受让人并没有证明自己为善意的责任，而应当由否定受让人为善意取得人的一方负责举证。因此侦查机关在扣押时，必须是有证据证明受让人是非善意的。