政府与司法机关关系的调整变革首先要求政府自律，不干预司法，以保障司法独立。其次，应进一步确立“有限政府”的原则。“有限政府”不仅是相对于政府与行政相对人的关系而言的。在这种关系中，“有限政府”原则要求政府不要管得太宽、管得太多、不要干预相对人自治范围内的事；同时，“有限政府”也是相对于政府与司法机关的关系而言的，在这种关系中，“有限政府”原则要求政府不要将手伸得太长，不要处理和裁决本应由司法机关处理、裁决的民事纠纷或行政争议，特别是公安机关不要应经济纠纷一方当事人的要求对另一方当事人采取刑事强制措施，越权干预经济纠纷[10]。再次，此种关系的调整改革要求扩大行政行为接受司法审查和司法监督的范围。行政权是国家权力中最广泛、最经常、最直接涉及公民权益的权力，是最易于发生腐败、滥权和侵权的权力，因此，特别需要最具正当法律程序的司法制约。但是，我国目前司法审查和司法监督的范围受限太多，抽象行政行为、内部行政行为、涉及公民受教育权、劳动权和知情权、参与权、表达权、监督权等政治权利的行政行为大多被排除在司法审查、司法监督之外。而要保障行政权的合法、有效运作，这种情况亟需改变。
政府与执政党关系的调整变革的最重要的要求是处理好党的领导与责任政府关系的平衡。社会主义的政治体制要求政府必须接受党的领导，实现严格依法行政与严格执行党的路线、政策、方针的统一。这就要求各级政府和各级党委明确各自的职责、权限和责任。各自对自己的行为（领导行为和执行行为）负责，包括负法律的、政治的和道义的责任，以避免过去某些“一把手”享有和行使国家公权力性质的权力却不承担法律责任和政治责任（仅在党内承担责任）的体制失衡现象。当然，政府与执政党关系关涉中国特色政治文明如何架构，是比较宏大的问题，需要不断探索。但是，通过一定的法律文件（硬法或软法）明确党委和政府二者各自的职责、权限划分以及它们各自违法、不当行使公权力的责任和对之进行责任追究的方式对于改革、理顺现行行政管理体制来说，恐怕是现在就应该和可以着手做的事情。
在研究了广义行政管理体制改革涉及的政府外部三个层面的关系后，现在我们来探讨狭义行政管理体制改革涉及的政府内部关系的三个层面的问题。
四、中央政府与地方政府关系的调整和变革
在现行管理体制下，中央政府与地方政府关系方面存在的主要的问题是中央集权过多，地方政府自主权、自治权不够。这样，就导致了许多怪现象的出现：有权、有钱的不管事，管事的没有权，没有钱，逼得下面管事的人要么睁一只眼闭一只眼不管事，要么“跑部钱进”。当然，中央与地方的关系很复杂，在有些情况下，授予了地方政府各种权力后，地方政府又可能利用这些权力搞地方保护主义。例如，在环境管理领域，现在一些地方政府在其错误的政绩观和局部利益、短期利益的驱使下，往往牺牲环境、牺牲生态搞建设，当地的环保部门如对污染企业采取制裁措施或予以关闭，相应地方政府会立即加以干预，压环保部门撤销处罚，保护这些污染企业过关。这种情况表明，如在环保管理体制上不破除地方保护主义，中国的科学发展、可持续发展将没有希望，环境、生态的灾难将不可避免。对此，我们应如何改革，是否将环保管理体制从以地方管理为主改为中央垂直管理就能解决问题了呢？恐怕不一定。首先，中央政府在经济发展与环境保护的孰轻孰重方面同样存在着利益冲突，迫于财政和政绩的压力，同样可能做出重发展而轻环保的选择；其次，中央垂直管理可能影响地方环保部门积极作为的主动性，可能产生有权的看不到、管不了，看得到、管得了的没有权的问题。因此，像这一类管理事项，是否能借鉴国外的经验，通过法律直接赋予管理部门更多的独立性，使之能一定程度地减少政府（包括地方政府和中央政府）对其行使职权的干预，确保其行为不受政府短期利益的干扰。同样，像土地、矿产资源等管理事项，特别是涉及民族自治地区的土地、矿产资源管理，如何处理中央与地方的关系，恐怕需要更多的探索。中央政府部门与地方政府相应部门的关系，可能要根据不同情况采取不同的模式：有的应由中央垂直领导，有的则应由地方政府领导（中央政府相应部门指导），有的则应双重领导；在双重领导体制下，有的又应以中央相应部门领导为主，有的则应以地方领导为主；在部门与政府的关系中，有的部门应由政府直接控制（如政府组成部门），有的部门则应保持对于政府的相对独立性（如美国的独立规制机构[11]）。总之，这些均应根据管理事项的不同性质和管理的不同目标确定，不能“一刀切”。
