根据
国家税务总局《关于进一步加强税收征管工作的若干意见》（国税发〔2004〕108号）的规定，在税收征管中涉嫌“偷逃骗抗”等税收违法行为需要立案的，要及时移交税务稽查部门查处。同时
国家税务总局《关于进一步规范国家税务局系统机构设置明确职责分工的意见》（国税发〔2004〕125号）规定，税收违法案件的查处（包括选案、检查、审理、执行）由稽查局负责，专项检查部署由稽查局负责牵头统一组织。同时，该意见明确要求各地税务机关应划清日常检查与税务稽查的业务边界，提出加强协调配合的具体要求。
据此，无论是关于稽查机构的具体业务的规定，还是关于税收征管和税务系统职责分工的规定，可以看出目前稽查局的职能主要集中于专项和专案稽查，而不包括日常稽查。但税务系统的职能分工必须有明确的法律依据，而不能仅仅从实践的操作或是含混的法律文件中进行推断。
2．税务稽查机构的法律定位
组织税收收入是税务机关最主要的职能，而收入来源一方面是通过征收申报入库税款，另一方面是通过稽查取得查补收入。同时，《税收征管法实施细则》第9条还赋予了稽查机构执法主体资格，为税务机关打击涉税违法犯罪活动提供了法律保障。故税务稽查机构作为税务系统的重要组成部分，与征管机构之间的协调运作不仅关系着税务稽查机构自身的职能完善，也关系着税务机关整体职能的实现。
在稽查与征管之间的协调方面，目前的划分主要依据是：一是在征管过程中，对纳税人、扣缴义务人履行纳税义务的日常性检查及处理由基层征收管理机构负责；二是税收违法案件的查处（包括选案、检查、审理、执行）由稽查局负责；三是专项检查部署由稽查局负责牵头统一组织。
在稽查系统内部，由于同时存在着国家税务局系统和地方税务局系统，各设稽查局，但目前对于两个系统内的稽查局之间的配合与协调并没有明确的规范。同时，上下级稽查机构之间的关系，目前虽然
国家税务总局发布《关于进一步规范国家税务局系统机构设置明确职责分工的意见》（国税发〔2004〕125号），明确了上级稽查局对下级稽查局的执法办案进行指挥协调的职权。但目前稽查局在各级税务机关都有设立，对专项稽查和专案稽查的需求在地域分布上也有所不同，目前的机构设置造成了机构和人员的重复，也使得对于大案要案的稽查缺乏跨区域的协调机制，使得存在稽查力量不足的潜在危机。
