尽管文本意义上冲突逐渐消弭，但税务稽查仍然缺乏统一、明确的法律定位，其内涵、职能不清，突出地反映在外延——税务稽查机构的设置与职能方面，即税务稽查机构的法律定位问题同样没有得到很好地解决。
（二）税务稽查机构的法律定位
税务稽查机构是税务稽查职能实现的物质基础，一方面税务稽查机构的合理建构取决于税务稽查法律职能的统一与明确，另一方面税务稽查机构职能的有效发挥将促进税务稽查功能与目标的实现，从而推进整体税收法治与和谐社会的建构。但如前所述，税务稽查的定位不明，影响了在制度推进中税务稽查机构本身的定位及其职能、职权的实现与完善。
1．税务稽查机构的职能
根据《税收征管法实施细则》第9条的规定，稽查局专司偷税、逃避追缴欠税、骗税、抗税案件的查处。虽然规定了稽查局的四项专司职能，但是否这就是稽查机构的全部职能，日常稽查、专项稽查、专案稽查等职能是否全部归属于稽查机构，还是在税务系统内部有更细致的分工，这在法律上也没有得到明确。该条第2款规定“国家税务总局应当明确划分税务局和稽查局的职责，避免职责交叉”，
国家税务总局《关于稽查局职责问题的通知》（国税函〔2003〕140号）指出，在国家税务总局统一明确之前，稽查局的职责主要是：稽查业务管理、税务检查和税收违法案件查处；凡需要对纳税人、扣缴义务人进行账证检查或者调查取证，并对其税收违法行为进行税务行政处理（处罚）的执法活动，仍由各级稽查局负责。
从国家税务局系统稽查局的职能来看，根据
国家税务总局《关于进一步规范国家税务局系统机构设置明确职责分工的意见》（国税发〔2004〕125号）的规定，国家税务局稽查局的主要职责是，“组织贯彻税务稽查规章制度，拟定具体实施办法；负责稽查选案、检查等工作；负责税收举报案件的受理、上级交办、转办及征收管理部门移交的有关税务违法案件的查处工作；负责上级稽查局对稽查情况进行复查复审工作的组织与配合；负责与公安、检察、法院协调税务稽查中的司法工作，对涉嫌犯罪的案件，税务机关除依法进行行政处理（处罚）外，要严格执行国务院《
行政执法机关移送涉嫌犯罪案件的规定》及相关法律、行政法规，及时移送公安机关处理；负责增值税专用发票和其他抵扣凭证涉税问题稽查和协查工作；牵头组织税收专项检查和整顿规范税收秩序工作。”
