另一方面，市场经济体制的建立，必然要求政府职能进行转变，提高效率，适应市场经济的要求。传统体制是下中国政府的经济职能具有明显的弊端。其一，政府的经济职能与其他职能高度集中在一起，缺少必要的独立性；其二，政府的经济职能在很大程度上排斥和取代了市场机能，用经济计划和行政命令排斥和取代了市场机制；其三，强调用政府的经济职能同时解决宏观和微观两方面的问题，政府的经济计划和宏观管理直接“侵入”到企业的微观经营管理内部。这种状况直接阻碍了中国经济体制和国有企业改革的进展，转换政府职能以越来越成为国有企业深化改革、建立现代企业制度的迫切要求。
因此对政府职能进行了转变，经过其主要表现以下几个方面：部分专业经济管理机构改组为经济实体或行业协会，不再承担政府职能；暂时保留的专业经济管理部门亦将生产经营权大幅度下放给企业，并进行了大规模的机构和人员精简；政府管理方式发生了初步转变，如减少指令性计划和行政命令，强化宏观调控职能等；积极探索建立新的国有资产管理体制和运营机制，实行政府的社会管理职能与国有资产所有者职能分离的新路。
政府职能的转变，为政企关系的变化消除了一个直接障碍。对外开放政策的制定与实施，引进了外资，也产生了同时产生了几种新的企业类型：中外合资企业、中外合作企业、外资独资企业。这些企业与我国各级政府在一开始就不存在行政隶属关系，因而为我国原来单一的政府和国有企业之间的关系增添了新的内容，也为政府职能的转变提供了探索的渠道。
纵观我国三十年的经济体制改革，一是沿着经济运行机制的改革路线，确立了社会主义市场经济体制；二是沿着所有制制度改革，构造适应社会主义市场经济发展的所有制基础，通过制定《物权法》、《企业国有资产法》，涌现出了一些新的公有制实现形式，非国有制经济的壮大与发展，为政企关系的转变提供了巨大的推动力，公有制多种实现形式的出现，也是国有企业与政府的关系出现了纷纭复杂的局面，导致了政企关系新变化的出现。
在市场经济条件下，企业是独立经营自负盈亏的经济实体，是能够独立承担民事责任的企业法人；同样，政府是公共秩序的维护者，是依法行政的行政主体，是能够承担行政行为责任的行政法人。企业法人和行政法人之间不存在行政上的隶属关系，因而从主体资格上看是平等的。法律面前人人平等，任何人、任何组织都没有超越法律的特权。
