由于不同时期和不同经济环境可能要求不同的执法思路以促进经济增长[④]，反垄断执法机构和行业监管机构之间自然而然就形成了职能“互补、重叠及冲突”的微妙关系。首先是职能互补：反垄断执法机构主要是通过遏制市场力量来确保效率以实现消费者福利；而行业监管机构则主要以防止资源浪费和直接保护消费者为天职。其次是职能重叠：由于立法时界定模糊和解释偏差将导致二者职能重叠。在印度，竞争委员会是法定反垄断执法机构，但除了电信行业通过立法明确划分其反垄断执法机构外，包括保险、证券监管机构都有与反垄断执法机构重叠的职能。[⑤] 最后是职能冲突：管辖权的立法界定不明，行业监管机构可能集“市场参与者、政策执行者和裁判人”于一身，此外，监管捕获（Regulatory Capture）也可能导致二者职能履行的实质性冲突。
在一百余年反垄断执法历程中，各国逐渐意识到反垄断执法机构和行业监管机构之间合作的重要性，积累了许多处理二者关系的宝贵经验。虽然这些思路对各国而言莫衷一是，却对我国设置反垄断执法机制有着重要的参考价值。二者的正式合作方式包括：赋予反垄断执法机构更高的执法地位，立法赋予反垄断执法机构决定特别行业市场力的行业监管权，建立强制和非强制的交叉咨询机制，规定由相同的上诉机构处理争议。非正式合作方式包括：日常沟通、会议、学习交流、人员交流和建立联合工作组。
（二）反垄断执法机构与金融监管机构的关系
由于金融业处于国家经济命脉的特殊地位，尽管反垄断执法机构通过法律得到确认，但为保证金融业垄断行为能被及时有效地遏制，金融反垄断执法部门常被设定为金融监管当局本身，美国、意大利和荷兰即是分别由其本国的金融监管机构承担。我国眼下正着手研究反垄断执法机构设置，金融监管当局以功能监管为主线的职能整合必将是保障金融竞争制度顺利实施的重要基础。现有反垄断执法机构与金融监管机构的关系协调立法例中，美国、英国和欧共体的经验各具特色，以下分别扼要介绍。
美国。由于推崇三权分立、采取联邦制等原因，美国反垄断执法机构设置采取司法部和联邦贸易委员会并行的多元模式，银行业监管机构与反垄断执法机构的关系稍显复杂。虽然《谢尔曼法（Sherman Act）》于1890年就已实施，但1963年费城国家银行一案才真正确立了美国司法部对银行并购的审查权。[⑥] 1966年颁布的《银行并购法（Bank Merger Act）》和《银行控股
公司法（Bank Holding Company Act）》明确了银行业并购时，司法部和四家金融监管机构均享有并行的独立审查权。[⑦] 1995年，为确保银行业监管机构和司法部在评价并购产生的影响时能适用一致标准，司法部、美联储和通货总监署联合发布《银行并购竞争评论（Bank Merger Competitive Review）》。1999年11月12日，美国国会颁布《金融服务现代化法》〔即《格爱姆－里赤－布里利法案（Gramm-Leach-Bliley Act）》〕，提出以功能监管替代行业监管的金融混业监管模式，该法第101节的“谨慎安全措施”[⑧]部分规定：“通货总监署、美联储和联邦储蓄保险公司[⑨]”，发现“……资源不当集中、竞争减弱或者竞争较少……等其他负面影响时，可通过规制或命令，对（相关）关系或者交易施加限制或要求，……。[⑩]” 此外，中央银行法〔即《联邦储备法案（Federal Reserve Act）》〕在第25A节赋予美联储对“控制或者固定价格行为的反垄断监管权”[11]；同时，该法赋予法院对经济和刑事制裁的司法审查权。[12] 作为银行业监管当局，美联储、联邦储蓄保险公司和通货总监署在法律规定范围内分别进行反垄断监管，对他们的监管意见，美国司法部将履行联邦反垄断综合执法职责。2002年3月5日，联邦贸易委员会和美国司法部反垄断司签署了《清理调查程序的协议备忘录（MEMORANDUM OF AGREEMENT BETWEEN THE FEDERAL TRADE COMMISSION AND THE ANTITRUST DIVISION OF THE UNITED STATES DEPARTMENT OF JUSTICE CONCERNING CLEARANCE PROCEDURES FOR INVESTIGATIONS）》，《备忘录》约定：“司法部负责金融服务、保险、证券、期权、债券和期货市场的反垄断调查”。随着金融混业局势加剧，加之横扫世界金融市场次贷危机的影响，联邦贸易委员会和司法部反垄断司的协议出现松动迹象，联邦贸易委员会逐渐积极参与金融反垄断执法。2008年1月28日，联邦贸易委员会向美联储发布《2007年度金融法律执行报告》，对《贷款实情法（Truth in Lending Act）》、《消费者租借法（Consumer Leasing Act）》、《平等信贷机会法（Equal Credit Opportunity Act）》和《电子资金转移法（Electronic Fund Transfer Act）》的执法情况进行测评。[13] 2008年2月13日，联邦贸易委员会表示正与有关机构联合阻止抵押回赎权“救济（Rescue）”欺诈。[14] 综合美国银行业监管机构与反垄断执法机构多年的合作关系，七方面特点值得注意：第一，银行业监管机构在评价合并时必须适用
反垄断法，任何导致垄断、共谋或者企图垄断的合并将被制止；第二，银行业监管机构必须要求司法部向其提供在考虑是否获准并购时应参考的《竞争要素咨询报告（Competitive Factors Advisory Report）》[15]；第三，银行业监管机构必须通知司法部已获准银行业并购，除紧急情况外，司法部有权在30日提出异议[16]；第四，根据《银行并购竞争评论》，为充分体现审查的独立性，银行业监管机构和司法部在考虑银行并购时不必定义相同的产品市场和地域市场；第五，司法部的救济手段旨在保护市场竞争[17]，而银行业监管机构因须综合考虑与其他监管目标的协调，有权批准反竞争效果明显不及于服务社区和提供便利等公共利益的银行合并案[18]；第六，若司法部最终对银行业监管机构批准的并购起诉，相关银行业监管机构可以代表被告，就自己的裁定和理由与司法部分庭抗礼[19]；第七，由于《谢尔曼法》和《克莱顿法（Clayton Act）》适用于银行业受一定限制，在处理非银行并购事宜时，反垄断执法机构经常向银行业监管机构提出有关竞争受到影响的建议，而银行业监管机构也可以通知反垄断执法机构在其辖内可能触犯
反垄断法的行为。[20]
