历史分析方法强调资料的真实可靠，客观上是一种实证分析的方法，而实证分析的方法在价值问题上基本上是中立或主张价值多元的。运用实证分析方法对制度进行研究是为了弄清楚制度是什么，而不是制度应当是什么。正如我们在上文所提到的，历史分析方法着重对制度的历史合理性的论证，从有关制度研究的客观结果上来看，就是通过对制度的外部条件的实证分析，取代对制度本身的价值判断。因此，我们所看到的关于人民代表大会制度的研究，主要集中在符合中国的国情和适应国家性质的简单判断上，至于这一制度内的国家权力分配和运行原则、主权与人权的关系、代表与选民的关系等具有较多价值内涵的问题的研究不是含混其辞便是根本没有。历史分析使人们摆脱了价值上的困扰，但也因此降低了宪法学的理论价值。
有学者在批判中国宪法学方法论的总体取向时指出：“在新中国的宪法学时期，自然法思想也好、法律实证主义也好，虽然均受到我国马克思主义法学的严厉批判，然而在反对自然法、坚信规范可以创设权利这一点上，我国（宪）法学其实恰恰与西方传统的法律实证主义一脉相通。”不仅如此“西方传统的法律实证主义早已经再H•凯尔森的纯粹法学上得到极其重要的发展，而中国的宪法学迄今还不可能真正成为一套‘纯粹’的规范科学，精微缜密的
宪法解释学也尚未成就。”[33]
历史分析方法既是实证的，同时又是“非规范”的，无疑对上述缺陷起到了推波助澜的作用。
其二，历史分析方法的过度使用，在一定程度上阻碍了人们对其他的宪法学研究方法的运用，特别是在有关宪法制度的研究中阻碍了对规范分析与解释方法的运用。
宪法的方法论体系有其自身的逻辑结构，人们除了有可能在哲学立场上根本对立之外，各种研究方法之间是可以共存和相通的，这是就总的情况而言。在具体问题的研究中，由于目的不同则普遍存在以一种方法或几种方法为主导以其他方法为辅助的情况。如果在宪法学的整个研究领域都受一种普遍的思维定势的影响，因此某一种或某几种研究方法成为具有压倒优势的研究方法是可能存在的。阶级分析方法在新中国早期的宪法学研究中就占有压倒的优势，并在客观上阻碍了其他方法的使用和发展。历史分析方法是否也造成了这样的后果，有必要认真地分析。
在宪法学几乎所有问题的研究中我们都可以看到历史分析方法的身影。以宪法学对特别行政区问题的研究为例——问题被分成四部分：特别行政区是“一国两制”构想的产物；特别行政区的概念与特点；中央与特别行政区的关系；特别行政区的政治制度和法律制度。[34]抛开上述内容中对制度的规范性解说不谈，这一制度研究本身至少涉及到三个合理性问题：首先，在出现了特别行政区这样的地方政权之后，“我国是单一制国家”这一国家结构形式的界定的合理性；其次，为什么设立特别行政区而不是其他样式的地方政权，即特别行政区设立的合理性；再次，特别行政区为什么可以实行资本主义的政治和法律制度，即特别行政区政治制度和法律制度的合理性。
对于第一个合理性问题，宪法学教科书并没有基于中央与地方权力关系的新变化，重新考量我国的国家结构形式，而是将其近乎武断地作为特例，认为特别行政区所带来的变化可以被单一制吸收，即“特别行政区的建立构成了我国单一制的一大特色，是马克思主义国家学说在我国具体情况下的创造性运用。”[35]因此单一制国家结构形式的合理性论证还是基于历史合理性的论证；对于第二个合理性问题，
宪法教科书主要是通过对“一国两制”理论的合理性论证来进行的。“‘一国两制’的伟大构想，是邓小平在尊重历史、尊重事实的基础上，集中全党的集体智慧提出来的。”“两部基本法的指导思想就是‘一国两制’的方针”。[36]就论证的实质而言，使用对“一国两制”这一政治理论的历史合理性的论证取代了对特别行政区这一地方性制度的合理性的论证；对于第三个合理性问题，教科书中的论证一个是基于“一国两制”的政治原则，一个便是“从香港和澳门的法律地位和实际情况出发”。[37]所谓实际情况其实就是香港和澳门一百年来已经形成的政治和经济制度，仍然主要是一种历史合理性的论证。
除了围绕着
宪法第
31条和基本法对特别行政区的政治和法律制度作了简要的解说之外，即没有明显运用作为法学基本方法的价值分析方法，分析制度的价值目标；也没有运用精微缜密的法律解释方法，分析
宪法与基本法的关系以及在特别行政区运行过程中所可能出现的法律冲突。与其说历史分析方法阻碍了规范分析与解释方法的运用，毋宁说对历史合理性的重视减轻了人们对制度自身合理性的关注，因此，霍姆斯所批判的历史法学派“不能自觉地去考虑法律规则的正当性论证必须赖以为基础的各种社会利益因素”，在历史分析方法的过度使用中，我们也可以看到一定的踪迹。但与阶级分析方法全面贯彻从而使得阶级性范畴成为宪法学的核心范畴不同，历史分析方法并不具有如此的特性，他对其他研究方法的限制是有限的。
