1990年底国务院发布的《
行政复议条例》中，列有专章对复议机构的设立和职责作了更加明确的规范。该条例第二十四条规定：“县级以上的地方各级人民政府的复议机构，应当设在政府法制机构内或者与政府法制机构合署办公。”《
行政复议条例》的出台，进一步推动了地方政府组建专门行政复议机构的步伐。1991年1月，北京市政府同意在市政府法制办公室设立行政案件复议处，编制4人；此后市政府又决定，各区县政府、市政府各部门也应当建立行政复议机构，据此，全市18个区县政府和市政府67个委办局（包括有行政复议任务的行政公司）都在法制办（处）内设立了专门的行政复议科（组），其中30多个单位还设立了以行政机关首长为主任的行政复议委员会。1991年2月、5月，福建省办公厅两次发文，同意在省政府办公厅设立行政复议办公室，并在省直部分单位和地、市、县（区）设立行政复议机构。1991年3月20日，宁夏回族自治区政府决定成立自治区政府行政复议办公室，与政府法制局合署办公。1991年6月，安徽省政府同意在省政府法制局内设立行政复议应诉处。截止1992年底，除西藏等个别地方外，绝大多数省、自治区、直辖市政府都设立了专门的行政复议机构。至此，省级政府专门性行政复议机构基本建立。
除地方政府外，国务院部门也开始着手开展行政复议机构建设。1990年4月，当时的商业部成立行政复议委员会，由主管副部长任主任，办公室设在部政策法规司咨询检查处，配备专职行政复议人员3人，另有兼职行政复议人员18人。同月，国家进出口商品检验局成立行政复议办公室，具体工作由局政策法规处承担。1990年8月3日，国家测绘局行政复议处正式成立。1990年10月13日，广播电影电视部决定成立行政复议委员会，并在政策法规司设立司法处，为行政复议委员会办事机构，负责行政复议日常工作。此后，铁道部、对外经济贸易部、航空航天部先后建立行政复议委员会及其办公室，中国人民银行建立行政复议委员会和行政复议处（编制5人），地质矿产部、国家技术监督局、国家环境保护局建立行政复议办公室，农业部成立行政复议应诉领导小组和办公室，邮电部在政策法规司设置行政复议应诉处（编制3人）。其他承担行政复议任务的部门也都设立了行政复议机构。
这一时期建立的行政复议机构，具有以下两个明显的特点：第一，行政复议机构在较短的时间内，实现了从基本空白到比较健全的重大转变。据有关部门统计，在《
行政复议条例》出台后不到两年的时间内，全国绝大多数地方的省级政府和设区的市两级政府（含地区行署）都普遍建立了专门的行政复议机构，并基本落实了专职行政复议人员。国务院部门大部分也都建立或者指定了行政复议机构，省级以下部门中，公安等执法任务较重的部门也都确定了行政复议机构。第二，行政复议机构的模式多样化。总的看来，主要有三种模式，一是行政复议委员会模式，通常由行政首长任主任，委员会一般下设办公室（也有设立行政复议处的个别情况），负责具体行政复议工作；二是行政复议办公室模式，由政府或者部门的副职或者其他领导任主任，法制工作机构负责人任副主任，由法制工作机构具体承担行政复议工作，并直接对行政首长负责；三是法制工作机构内的行政复议处模式，即在政府或者部门的法制工作机构内设置行政复议处，或者在其他处室配备专人承担行政复议工作。这三种模式中，前两种都采取了行政复议机构与法制工作机构合署办公的模式，行政复议机构在形式上是与法制工作机构并列的两个机构，只有在第三种模式中，行政复议机构才是法制工作机构的内设机构。
