3．司法机关平等协商中的司法协助途径
通过立法途径和法律解释途径，只能够解决特别行政区的法律与基本法的冲突问题，内地法域与特别行政区法域在诸如民商事法律方面的冲突仍然大量存在。在“一国两制”条件下，如果采用统一区际冲突法或者统一实体法的方式解决这一问题，不可避免地会侵害特别行政区的立法权，并人为改变特别行政区的法律传统，这就违背了“一国两制”的基本原则，因此，制定统一的法律不仅存在立法程序和立法技术上的障碍，而且存在宪政体制上的冲突，而法律解释途径也存在同样的问题。因此，除了特别行政区的法律与基本法的冲突必须通过宪政途径予以解决外，其他方面的法律冲突不仅允许存在，而且只能借助司法机关平等协商中的司法协助途径予以解决。
司法协助原是国际私法中的一个概念，它是指不同国家的司法机关或其他主管机关之间，依据本国参加的国际公约或缔结的双边条约或互惠关系，彼此相互协助，为对方代为履行一定的司法行为的活动。这是传统意义上的司法协助，即国际司法协助。随着复合法域国家的出现，在一国内不同法域之间，也常常需要相互请求和提供司法协助，这样，区际司法协助便应运而生。
目前，世界上的复合法域国家大都是实行相同社会经济制度的国家，其国内各法域实施的法律虽有不同，但从性质上讲都是属于同一类型的法律体系。而且，这些不同的法域均不享有终审权。在这些国家内区际司法协助可通过
宪法或
宪法性法律，或凌驾于各法域之上的中央法律来调整。因而，这些国家内区际司法协助的方式和途径都较为简便和通畅。
我国内地法域和特别行政区法域实行两种不同性质的法律制度，其法律差异较大，而且特别行政区享有终审权，因此，我国内地法域与特别行政区法域的司法协助，比目前世界上任何国家的区际司法协助都要困难和复杂，必须建立宪政途径予以解决。
根据基本法的安排，特别行政区可与全国其他地区的司法机关通过协商，依法进行司法方面的联系和相互提供协助。由于最高人民法院和各特别行政区法院没有隶属关系，同样，最高人民检察院、公安部等与特别行政区相应机关之间也没有隶属关系，因此，“一国两制”条件下的司法协助，需要建立起最高人民法院、最高人民检察院、公安部等与特别行政区司法机关之间平等合作的宪政关系，这与内地的宪政关系是不一样的，是实施“一国两制”后我国出现的新的宪政关系。由于内地实行统一的法律制度，在内地的司法体制中，存在着最高人民法院对各级人民法院的审判监督关系，最高人民检察院对各级人民检察院、公安部对各级公安机关之间领导与被领导关系，因此，内地各省、自治区和直辖市的司法机关不必分别与各特别行政区进行协商，而由最高人民法院、最高人民检察院、公安部等作为内地司法机关的总代表，与各特别行政区充分协商，就相互提供司法协助等事宜达成一致，签定协议，然后，由内地和特别行政区分别在各自法域实施。香港和澳门回归后，最高人民法院与香港和澳门分别签署了“相互委托送达民商事司法文书的安排”以及“相互执行仲裁裁决的安排”两个司法文件。这两个文件，都是由最高人民法院与特别行政区的代表，在平等协商的基础上达成的。由此可以看出，通过最高人民法院、最高人民检察院、公安部等内地的最高司法机关与特别行政区司法机关之间的平等协商，可以使特别行政区与整个内地顺利进行司法方面的协助，从而为“一国两制”条件下的司法协助提供顺畅的宪政途径。
