注册会计师的监督与公司内部监事会的监督亦有区别。首先，监事会是公司内部的机关，而注册会计师则否。如果说监事会的监查是一种内部监督查，则注册会计师的监查则是一种外部监查。其次，监督权限不同。注册会计师仅对公司的财务会计进行监查，而后者既对公司的财务会计进行监查，也对公司的业务执行进行监查。
注册会计师既可承办会计咨询、会计服务业务，也可以承办以下审计业务：1、审查公司会计报表，出具审计报告；2、验证公司资本，出具验资报告；3、办理公司合并、分立、法算事宜中的审计业务，出具有关的报告；4、法律法规规定的其他审计业务。
为保证注册会计师的监督具有公正性，注册会计师应当遵守以下监督规则：1、回避义务。当注册会计师与委托人有利害关系时，应当回避，委托人有权要求其回避。2、注册会计师执行审计业务，遇有下列情形之一的，应当拒绝出具有关报告。(1)委托人示意其作不实或不当证明的；(2)委托人故意不提供有关会计资料和文件的；(3)因委托人有其他不合理要求，致使注册会计师出具的报告不能对财务会计的重要事项作出正确表述的、3、注册会计师执行审计业务，必须按照执业准则、规则确定的工作程序出具报告。
对于注册会计册的监督权限，《
注册会计师法》第
17条规定，注册会计师执行业务，可以根据需要查阅委托人的有关会计资料和文件，相看委托人的业务现场和设施，要求委托人提供其他必要的协助。为加大注册会计师的监督力度，应对其享有的监督权限作广义解释，如调查公司业务和财产状况的权利，要求本公司提供有关会计报告的权利，调查本公司业务和财产状况的权利，出席股东大会并陈述意见的权利等均应视为注册会计师的监督权限。
实践中的问题是，有些注册会计师执行审计业务出具报告时，明知委托人对重要事项的财务会计处理与国家有关规定相抵触，而不予指明；明知委托人的财务会计处理会直接损害报告使用人或者其他利害关系人的利益，而予以隐瞒或者作不实的报告；明知委托人的财务会计处理会导致报告使用人或者其他利害关系人产生重大误解，而不予指明；明知委托人的会计报表的重要事项有其他不实的内容，而不予指明。这在当前的公司上市过程中表现得尤为明显。不建立健全注册会计师的民事赔偿责任是不行的。
（三）政府的审计监督
政府的审计监督，是指审计机关依照法律规定的职权和程序，对于法律所限定的财政收支或财务收支的真实性、合法性和效益性所作的检查与评判。政府的审计监督与注册会计师所为的社会审计监督一起共同构成了审计监督的全部外延。实践已经并将继续证明，加强国家的审计监督，对于维护国家财政经济秩序，促进廉政建设，保障国民经济健康发展意义甚大。
政府审计监督具有如下特点：（1）政府审计监督的主体是国务院和县级以上地方人民政府设立的审计机关。审计机关依据法律所赋予的审计监督权而开展审计监督活动，这与注册会计师依据其所在的会计师事务所与当事人之间签订的委托合同而开展审计监督活动显然不同。（2）政府审计监督的对象具有特定性。即只有国有公司和国有金融机构的财务收支才接受政府的审计监督，至于其他非国有法人(如私营公司)的财务的收支则不在政府的审计监督之列。为预防日益崛起的大型民营公司违法背德、淡漠公司社会责任，建议在审计立法上区分大小民营公司，把资本数额和雇工规模在法定标准以上的大型民营公司纳入政府审计监督之列。（3）政府的审计监督具有相当的独立性和公正性。《
宪法》第
91条和第
109条、《
审计法》第
5条均明确规定，审计机关依照法律规定独立行使审计监督权，不受其他行政机关、社会团体和个人的干涉。
