行政惯例问题：“法务部并认为，各机关对特别费的认知与处理程序，已形成大法官会议释字419号解释理由书上所谓的，遵循「反复发生之先例，并对一般人产生法之确信」的行政惯例，或行政上的习惯法之行政作为。”——法务部：特别费是对首长实质补贴(记者黄国梁/台北2006/11/29 报导)。
“针对特别费案的争议，马英九表示，从行政惯例的角度看，不需要单据的特别费一旦汇入账户或被领走，就不能当成是公款，而是可以自由支配的费用，他也认为本案如果是以贪污罪嫌侦办，就是重罪，而不应该以「缓起诉」方式结案。（缪宇纶报导）马英九说，过去他就以口头或书状方式陈述，无须单据的特别费是为了行政效率，让首长自由运用，和法务部后来的「实质补贴」解释是相近的，也就是从「行政惯例」的角度理解，这一点是他希望检方能注意到的『在过去30年中，首长们用这笔钱，当时的主观认知都没有当成是公款......如果说一开始就当成公款，绝对不会用这种方式来使用。』马英九说，这和需要凭证的另一半特别费是不一样的。——马英九: 依照行政惯例 不要单据特别费就不是公款；
(8) 特别费与国务机要费侦办标准不一，及对侯宽仁起诉书之管见沈福仁撰；陈瑞仁：用马英九案标准侦办绿天王；律师：依检逻辑 四天王必没事 【联合报／记者林新辉、陈志平、苏位荣／台北报导】 2007.02.14 ¡Q「行政院」：六千首长多无问题；【本报讯】据中广新闻网13日消息；特别费侦结两样情 ：许添财和马英九遭遇天壤之别 【中时电子报毛嘉庆／台北3月12日报导】；陈明进问侯宽仁──高检「选择马英九办案」的尴尬后果【联合报／社论】【2007/03/13 联合报】。
(9) 国务费与特别费案，两者之间究竟存在什么差别？究竟是不是政治案件？司法对此究竟如何采取“同一标准”？对此问题，详见台湾相关论述文章以及不同的解释与认知：“机要费、机密费、特别费之研析”韦伯韬，邓哲伟 。财金（ 析）095-008号 2006年10月11日（本文刊于95.10.05中央日报网络报）；「总统府国务机要经费支用程序作业规定」第 4 点：「总统府国务机要经费由会计处另设专帐，其原始凭证依
会计法等相关法令由专人保管；涉及机密费部分，由总统秘书室指派专人比照办理」等，足资证明国务机要费必须具备完整单据，并无例外。陈瑞仁已对陈水扁网开一面！ 2006/11/13 【联合报社论】；“ 总统：国务费、特别费案是政治问题：盼释宪、修法解决” 27/1/07 〔记者邱燕玲／台北报导〕陈水扁总统昨首度对因国务机要费案而声请释宪表示立场。他指出，国务机要费案非单纯司法个案，已有「浓厚意识形态的政治问题」；他并建议，若国务机要费透过释宪解决，则「首长特别费是不是要透过修法解决，谨提供给大家参考」。陈总统在对「全球新兴民主论坛」之期许致词时指出，行政院苏院长曾说「国务机要费、首长特别费都是历史共业的问题」，吕副总统说「有关国务机要费也好、首长特别费也罢，应该是民主转型期症候群的问题」。现在已慢慢发现，整个事情的发展不是单纯的司法个案，而是带有浓厚意识形态的政治问题。
(10) 查黑中心：刑诉法是办案准则〔记者林庆川、杨国文／2006/11/30台北报导〕；驳斥「犯罪事实重于统一标准」之论述 (2007.3.14「苹论」) 。
(11) 关于目前台湾司法对“特别费案”，实质采用的“现金标准”问题，详见本文以下相关论述。“检方标准不一？ 杨秋兴：差别在‘钱’有无用完”联合报／记者蔡政谚、郑文正、吴佩玲／联机报导【2007/03/13 联合报】；
(12) 台湾行政当局从1998年起规定，不需原始凭证核销的一半首长“特别费”可汇入首长账户，汇到账户前既已经过会计与审计部门核销程序，就已不是公款，首长可自行决定用途，余款也不用缴回。根据现行办法，半数不必单据报销者，有三种支领方式，一是领取现金，二是领取国库支票，三是直接入帐。行政院2006修改规定，自2007年元月一日起，首长特别费全额都需单据报销，省却争议。
(13) 根据台湾媒体报导：近年行政院与北市皆鼓励采入账户方式提领款项。
(14) 所谓法理学原则的“木桶原理”：按照法理学上的自然法学的“木桶原理”(以最低“木板/要素”尺度标准，决定整体功能水平，并规制和限定其它要素/方式功能。比如，若论现金/支票/账户，明显就法的诚实信赖原则程度论：入账户>支票>现金！非法的可能/程度标准则是：现金<支票<入账户。那么，为什么只对法的诚信度最高者，刻以严厉的审查追究呢？显然，无论是从自然法理还是事实情理上，司法如此作为，都是于法无据，而严重破坏司法公信力的。这才是必须思考和解决的重大法律原则问题！) 显然，既然现金不可查，那么，同样依法规范的其它支领方式之使用，也是司法必须同等对待而不涉入的“自治权域”。这同样也是为社会常理所认同的社会法则；再如检察官陈明进所言：实质补贴 民众应可接受 【联合报／记者吴明良、洪肇君／台南市报导】2007/03/13 联合晚报。又见《台湾台南地方法院检察署检察官不起诉处分书》 95年度侦字第17333号。
(15) 详见注释7,21相关文章对此的论述。
(16) 陈瑞仁在接受《亚洲周刊》专访时指出：「不用单据部分，如果是领现金，就很难去查之后的用途，陈水扁那部分我们也做过查证，但他都是用现金领出去的，他用到哪--去，都是他自己在讲而已。马英九因为是用转帐的，都进去他自己的账户，钱到底有没有用出去，就比较容易查，只是一个比较好查，一个比较不好查而已。」；又如陈瑞仁《国务机要费案起诉书》中相关说明¡Q陈瑞仁对国务机要费中机密费部份，不予侦查起诉书节录一、『二、现行实务上国务机要费之「机密费」部分仅以「领据」或「领款收据」领取乙节，经查固无确切之法令依据。惟查总统府长久以来并未为总统编列一般行政机关首长所得运用之「特别费」（卷附之总统府预算书参照），所以惯例上均将国务机要费视同「特别费」处理，部分于月初即以领据领出，部分则须检具发票等单据始能申领等情，业据前总统李登辉先生证述属实。故「机密费」部分仅以「领据」而未检具单据领取，纵有违相关之审计法规，亦难认有
刑法上违法性之认识，自不得仅因具领时未检附单据，即遽认有不法所有之意图。况讯之马永成与林德训均证称「机密费」每年用于三节犒赏文武百官之固定开销均达八、九百万元以上，另其二人亦坚称确有使用部分机密费「 F案」等秘密外交等工作，已如前述。以外，此部份并无发票等书面资料可供查核单据之真伪，另经核对第一家庭成员之银行账户往来明细，亦未发现每月请领机密费时有相对应数额存入之情形，故此部分亦查无具体事证足资证明有人犯罪，并此叙明』 陈瑞仁:故「机密费」部分仅以「领据」而未检具单据领取，纵有违相关之审计法规，亦难认有
刑法上违法性之认识，自不得仅因具领时未检附单据，即遽认有不法所有之意图 (另据台湾报导审计署依据相关规定/见注9¡M一直并不认同陈瑞仁说法；此也受到法界诸多质疑) 。
