目前，这些基金主要以规模不大的扶贫公益性质的基金为主，但也吸收了地方政府和合作项目的相关上下游企业的一些资金投入作为资本金，不过各出资方都不以资本增值为目的。实务操作人士的设想是在将来由政策性银行（如国家开发银行）、扶贫组织（如中国光彩事业促进会）和能够提供专业技术服务的组织（如“中农合创”项目运行管理中心）等发起设立产业基金，从而建立稳定的商业资金融资渠道。
2、管理、决策模式不同
传统农业合作中强调农户作为社员的“一人一票”的民主决策、民主管理，以体现其自治性。
而“合创型”农业合作中，外部合作创业基金及其工作人员构成了合作体的核心，除提供主要资金、生产资料和全程的技术支持指导外，还有权规定农业生产的内容和方式，并建立了一套统一规范的管理机制，在圈舍建设、种猪选购、饲养管理、疫病防治等各方面都设计了要求农户必须严格执行的技术规范和标准。
农户则作为分散的相对“外围”参与者与“核心”通过合同纽带发生主要联系。并接受合作社技术人员的监督，以保证产品的质量和合作目的的实现。
由于农户既保持了一定相对独立性，进行分户经营；又接受统一规划、集中组织和统一服务。所以可以说“合创型”农业合作方式有点类似于特许经营制度，合作创业基金作为“特许人”提供了统一的技术标准，并负责在合作体内确保这一标准的维护。
以上两点是“合创型”农业合作和传统农业合作在组织形态上的根本区别，也是前者在结构上的优点所在。因为正如有学者指出的，传统农业合作在结构上的难以克服的缺陷包括：推举某成员为管理者，又必须对管理者设计复杂的监督制度，导致监督成本过高；从合作社成员内部选拔管理者，导致决策质量和决策效率不高；资金来源渠道有限造成资本筹措能力不足等。而“合创型”农业合作则较好的解决了这些问题：外部基金的介入，使资金来源更为充裕；专门人员从事管理和技术服务活动，突破了农户的固有知识和技术水平的限制；以及农户专事生产，权益由合同予以确定和保护，不必另外付出专门的监督成本等，都意味着更高的效率（“合创型”农业合作的内部管理架构问题在本文第四部分另有论述）。
除此之外，“合创型”农业合作的其他一些与传统农业合作的差异之处也在实践中表现出了优越性，例如：
3、政府参与程度不同
传统农业合作完全是一种私法活动。不需要也应当排斥政府的参与。而“合创型”农业合作虽然就其模式本身和应然的发展模式来看，政府也不是一种必须要素，但在现阶段或者说现有国情下，政府的介入，对“合创型”农业合作的发展，除了意味着资金支持外，还有着许多方面的积极意义，如对持续运营可能性的担保作用，和在中国的现实环境中不可替代的“信用增强”作用等（详见本文第三部分）。甚至我们可以说，能争取到政府的支持，是外部合作创业基金推动的农业合作优于普通的能人带动型的农业合作社之处。
4、参与农户获得贷款的难易程度不一样
虽然我国《农业法》第四十五条规定：“有关金融机构应当采取措施增加信贷投入，改善农村金融服务，对农民和农业生产经营组织的农业生产经营活动提供信贷支持。农村信用合作社应当坚持为农业、农民和农村经济发展服务的宗旨，优先为当地农民的生产经营活动提供信贷服务。”但在传统的农业合作下，因为盈利前景和还贷能力都很有限，所以农民信贷实际上一直是个老大难问题。
而“合创型”农业合作由于有外部基金和政府的持续资金和技术服务的支持，项目的长期性与盈利前景都有较好的保证，因此参与此项目的农民显然具有更好的还贷能力。而且为了促进项目的成功，必要时外部基金或合作组织体还可为融资需求大的农户（如进行较大规模生产的农户）特别提供一些担保。所以，“合创型”农业合作的中农民的信贷环境得到了大大的改善。如“中农合创”南充项目已成功地推动了国家开发银行对项目的商业资本投融资主体发放了大额政策性支农贷款。并通过“中农合创”项目管理中心和市县信用联社签订合作协议的方式，由后者向认养满一定时间且信用良好的认养户提供“项目认养户专向小额信贷”，使参与农户的融资需求得到了很大的满足。
5、与上下游产业的配套合作程度不同
传统农业合作由于产出规模小，品质又参差不齐，难以形成对上下游企业的吸引和产业整合效应。而“合创型”农业合作从一开始就注意和上下游产业的配合，其规模化经营和优质化的产出也保证了稳定商品源的形成和吸引力。如“中农合创”南充项目的实施，带来了大型种猪场、种猪制种企业、屠宰场和肉食品加工企业在当地的大笔投资。
6、标准化生产程度不同
传统农业合作基本上是农户个人生产的集合，生产过程和劳动成果的标准化程度都没有保证。而“合创型”农业生产由于遵循了统一的生产技术标准，所以更容易形成产业化、组织化和标准化的生产，因此能够更好地实现合作效率。
根据美国学者汉斯曼的研究，农业合作社的产品的同质性能带来利益的同质性和一个相对客观的分担成本、分配利润的统一标准，从而使合作组织更容易做出决策，因为任何决定对每个成员的影响都是相似的。
