我们可以先将司法权和侦查权进行区分。正确界定司法裁判权的范围及保障司法独立是现代宪政和法治理念的基本要求，司法权对行政权以至立法权的合理制衡对于防止国家权力的滥用和保护公民个人权利具有极其重要的意义。[6](P35)司法权与其他国家权力的合理分工不但是宪政的基本理念，也是构建现代刑事诉讼模式的出发点。事实上，并非所有涉及刑事问题的国家权力都是司法权，只有对于刑事案件的最终裁判权才属于司法权的范畴。侦查权虽然是针对刑事案件所行使的权力，但它的职能与其他行政权一样，都在于“执行”，即通过收集确实、充分的证据，尽可能将所有的犯罪分子都交付审判，从而实现
宪法和法律维护社会安宁与秩序的职能目标。[6](P42)侦查行为除了涉及刑事诉讼以外，和其他行政行为并没有任何真正区别，侦查本身并非是诉讼，而是进入诉讼以前的行政准备工作。
刑讯逼供和超期羁押在本质上是行政权力对公民权利的侵犯，属于行政法上的实体违法行为，并不是单纯的诉讼程序问题。侦查违法行为对于侦查人员来讲，轻微的要承担纪律责任，严重的则构成犯罪；对于国家而言，侦查机关代表国家所作出的侦查违法行为也不能视为是刑事违法，否则会得出国家也会犯罪的结论。
国家赔偿法规定了国家的刑事赔偿责任，但是刑事赔偿概念只表明赔偿产生的原因，并不能反映赔偿责任的法律性质。因此侦查机关负担的刑事赔偿和法院负担的刑事赔偿，其法律责任的性质应当是有所不同的，前者是行政法律责任，而后者是司法责任。
下面通过对侦查和诉讼的比较，探讨行政和司法职能的区别。
（一）侦查关系是双方性的，而诉讼关系至少要有三方
侦查关系是一种双方关系，而诉讼关系是以法院为主导的三方关系。即使法院介入到侦查过程中，也只是起监督者的作用，这种监督作用和法院对其他行政行为的监督没有原则区别，事实上英国法院对侦查行为和普通行政行为的监督都采用司法审查的手段。侦查机关在侦查过程中的主导地位，和一般行政机关在行政过程中的主导地位也无本质区别，都是行政优先权的一种表现。
（二）侦查行为和刑事诉讼的目的有根本区别
侦查是政府单方面追求公共利益的行为，而刑事诉讼的目的在于裁决公私之冲突。
犯罪行为和公民的其他行政违法行为没有本质区别，都是对公共利益的侵犯，因而行政处罚和刑罚都是政府追究公民法律责任以维护自身利益的行为。行政违法所侵害的是局部性的公共利益，因此由相关职能部门的行政机关进行处罚即可，并接受行政诉讼或司法审查的监督；但犯罪却对公共利益构成根本性的伤害，因此由专门的国家机关统一行使追诉的权力，并为保护公民不受不应有的惩罚，所有的追诉都须经过刑事法庭的居中裁判之后才能生效。
