2、现行费用扣除规则有违税收公平原则。现行费用扣除规则过于简单，没有考虑相关的影响负税能力的因素。根据修改后的
个人所得税法，对纳税义务人的工资、薪金所得实行一刀切的扣除办法，每月的扣除额均是1600元，同以前的均是800元一样，不考虑纳税义务人的住房、养老、失业等因素，也不考虑纳税义务人赡养人口的多寡、婚姻状况、健康状况、年龄大小甚至残疾等情况。纳税义务人的家庭情况千差万别。婚否、教育子女及赡养老人的多寡都是影响家庭开支的重要因素。随着教育、住房和社会保障等领域改革的不断深入，个人负担的相关费用也将呈现出明显的差异。现行税制不充分考虑每个人所面临的各种负担，自然就不能将纳税义务人实际负担的部分进行合理的扣除，也就不可能真正按照纳税义务人的负担能力进行征税。从理论上说，个人所得税的税基应该是纳税人的净所得而不是毛所得[5]。净所得的计算就必须在毛所得的基础上考虑到相关因素，有些是对毛所得起赋益作用的因素，有些是对毛所得起损益作用的因素。而我们现在的费用扣除规则没有考虑到这些因素。
经济学家张曙光也批评个税没有体现公平，只是增加政府收入。他认为，无论起征点是多少，都是针对个人的，没有计算家庭人口，没有考虑赡养系数。个人收入同样是3000元，两个人都就业的家庭和两个人就业的五人家庭，人均的税收负担差异就很大。这就违背了个人所得税的基本原则，即税收公平原则[6]。
3、特殊群体附加扣除3200元费用有违税收公平原则。同原来的规定一样，新的《
个人所得税法实施条例》同以前的规定一样，允许在中国境内的外商投资企业和外国企业中工作的外籍人员，应聘在中国境内的企业、事业、社会团体、国家机关工作的外籍专家等在中国境内取得的工资、薪金所得的，可以根据其平均收入水平、生活水平以及汇率变化情况确定附加扣除3200元费用。新的《
个人所得税法实施条例》将工资、薪金所得扣除标准从800元提高到1600元后，外籍人员的费用扣除标准也随之“水涨船高”，从原来的4000元上涨到4800元。从税收公平原则的精神出发，外籍纳税义务人既然与国内纳税义务人一样生活在中国境内，其免征额就应与处于同一条件下的国内纳税义务人相同。而且我们知道规定中的享受税收优惠的主体同国内普通的民众相比具有更加有利的负担税收的能力，在这种情况下还规定这样一个特殊的纳税主体缴纳更少的税收，不仅是没有体现公平原则，而且是与税收公平原则的精神背道而驰。
