这种管辖困境，突出地体现在三个问题上：
1、区房屋拆迁管理部门有无裁决管辖权？
2、公房拆迁过程中，作为被拆迁人的房屋拆迁管理部门已经与拆迁人达成了产权调换补偿协议，拆迁人与公房承租人之间的拆迁安置纠纷，由谁管辖？
3、房屋拆迁管理部门下属具有独立法人资格的单位作为拆迁人，由此发生的拆迁补偿安置纠纷由谁管辖？
对于上述第一个问题，很多地方持否定态度，后来出台的
《工作规程》也明文排除了区房屋拆迁管理部门的裁决管辖权；对于第二个问题，某些地方包括一些地方法院都认为应由同级人民政府管辖；对于第三个问题，实际上则一律由拆迁人所属的房屋拆迁管理部门管辖。凡此种种，问题多多。
（三）拆迁听证制度粗糙，实施流于形式。
《工作规程》规定，未达成拆迁补偿安置协议户数较多或比例较高的，房屋拆迁管理部门在受理裁决申请前，应当进行听证。(1) 但是“户数”、“比例”的具体含义不明，是指在册户口数量还是发证房屋数量、面积比例还是房屋栋数比例，抑或其他？是每个地块只组织一次听证，还是每个个案都要进行听证？听证的内容是什么？理解不一，操作上五花八门。
《工作规程》同时规定，房屋拆迁管理部门申请行政强制拆迁前，应当邀请有关管理部门、拆迁当事人代表以及具有社会公信力的代表等，对强制拆迁的依据、程序、补偿安置标准的测算依据等内容，进行听证。随之出现的问题是：首先，该制度忽略了人民政府作为行政裁决机关时，身为被拆迁人的房屋拆迁管理部门组织听证，有悖公正；其次，人民政府作出裁决的案件，由何方提出强制拆迁申请，是否需要听证?再次，怎样才算“具有社会公信力的代表”？对于公信力，不同的利益群体有不同的衡量标准。在统一、有说服力的评价标准出现前，似乎只有人大代表、政协委员才算“具有社会公信力的代表”，但是也不能排除个体之间的差异性。况且，人大代表、政协委员工作较忙、人数较少，由固定的几个代表或者委员长期参加一个地方的强制拆迁听证工作，大家都有难言之隐。
无论受理裁决听证还是强制拆迁听证，现实中都有走过场的趋势，结果几乎毫无二致，涉及当地市政重点项目工程时尤其如此。
（四）拆迁评估异议调处机制运转不灵。目前，已经确立了专家评估委员会异议鉴定制度。虽然公正性、可信度较高，但是配套资源要求多、运作成本高，可操作性较差。例如，很多中小城市专业估价人才匮乏，短期内无法成立专家评估委员会；成立了专家评估委员会的城市，大多又面临着经费困难的问题。解决这一困境，必须跳出专家评估委员会的窠臼，建立简单易行而又不失中立、公正的新机制。
