经济学对法学的另一个重要影响，表现在几个方面，这些影响仅仅是刚刚开始，甚至可能会动摇一些原本在法学中根深蒂固的基本概念。比如长期契约的提出，对
合同法提出了挑战。现行的
合同法是立足于合同双方从“法锁”中解脱出来的规则，对长期契约关系中如何维护双方的信任、交易的进行，
合同法难以发挥作用；比如所有权的概念，传统民法中的所有权概念属于物权体系，是从土地这种固定形态中发展出来的，随着人力资本的提出，随着组织结构的复杂化，这种所有权结构如何适应变化的社会关系？进一步说，物权和债权的划分属于传统私法的基石之一，这种划分真是那面可靠吗？在两者之间，存在着种种不同的产权结构，如何加以解释呢？
更深刻的影响则是法的客观化，法学日益开始接受效率（或者说效益）作为价值目标之一，而正义的模糊性遭到了批评。经济学所追求的经济效率是客观的，结果主义的，而传统民法则是以理性人、自由意志为核心的，法律绝对不能要求一个人违背其意志来作出法律行为，这是合理的吗？放弃这一标准是合理的吗？社会化、客观化的法律能够保证人的自由吗？
这些崭新的命题，提出了无穷无尽的课题。法和经济学的结合，绝不仅仅是早期运用数学公式、图表，运用新古典的成本—收益理论简单地进行分析，被法学家们当作消遣性读物就结束了的。法律和经济学的结合，仅仅是开始而已。
当然，对这些经济学观点，也不是没有反对的观点。许多人指出，交易费用的提出，只不过从一个方面对企业存在的原因进行了解释。现实生活中，企业的存在可能是由于多方面的原因。因为，在实际的历史中，企业和市场的存在并没有先后的逻辑顺序。现代企业的规模也是越来越大，AT&T、IBM、MICROSOFT这些超大型企业，都没有因为管理费用而停止，相反，一些企业在不断地扩张。中国许多家电企业投资于计算机行业，是依赖其已经存在的庞大的成熟的服务网络，所以，管理费用和交易费用并不能解释所有问题。投资形成企业，既有制度方面的原因，也会存在技术上的原因，比如亚当•斯密提出的分工原因，也有社会、文化、个性方面的原因，比如个人对成就感的追求等。
更为专业的批评来自于经济学家们，他们指出，交易费用的概念是靠不住的，因为无法界定，不符合经济学的传统。由此，从交易费用演化出来的定理，也是一种同义反复，不能用来进行继续推理——当然，有许多经济学家，包括华裔的杨小凯教授等所作的努力就是试图将产权和制度学派纳入原有的经济学范畴中。
产权和新制度经济学家们的观点也不是铁板一块。有些人所提出的理论，更像是试图恢复亚当•斯密时代的“自由主义经济学”传统——甚至更为过分，崇尚自由、个体主义是他们的根本价值观。所谓的“信息不对称”，正是基于个体主义才产生，正是由于不可能知道别人在想什么——这类似于存在主义著名的论断“他人就是我的地狱”，才产生了互相欺诈、机会主义的行为，用专业术语表达就是“道德祸因”和“悖逆选择”。因此，解决这一问题，不可能从个体主义和不可知论中找到答案，恰恰相反，集体主义、奉献、理解、爱、大公无私等我们所追求的正义和品德可能才是解决方案。
