我国环境法律的创制与环境问题初露端倪几乎是同步进行的。然而我国的环境状况非但没有达到改善的预期目标，却持续恶化。诚然，这与经济总量的猛增有直接关系，但是环境法律自身的缺憾也是不容讳言的。其中，不同行政区域、地方和中央以及城市和农村的环境利益与环境负担失衡，是重要表现。这些问题貌似单行环境法律的缺陷，实质上却是我国环境立法相关原则的缺失。要协调和处理好这三对环境利益关系，应该修改
《环境保护法》，确立环境利益与环境负担平衡的原则，并由全国人大通过，使其成为真正的环境基本法，对单行环境法发挥统领作用。
对于跨界水资源的分配，应当加强市场的资源配置功能，促进水资源向利用效率高的地区和产业转移。这就需要建立水权交易制度，建立三个不同等级的水市场，包括：（1）一级市场。在保证各区域生活用水的前提下，改革现有的水资源按比例分配的制度，对于生活用水仍旧按比例分配，其他用水，则由各省（区）的用水企业向中央政府购买。建立水权交易的一级市场需要改革现行的水资源费制度，取水企业应当向中央政府缴纳水资源费，不再由地方各级政府分成，革除省级行政单位取用国家水资源越多，财政收入越丰的逆向选择。（2）二级市场。该市场交易主体是各用水企业。第三种市场是不同地方政府之间的水权交易，这适用于黄河流域以外的地区。对于跨界污染问题，则需要进一步加强中央环境管理机关的权限，跨界水污染和大气污染由中央政府或者其派出机构直接管理，取消地方政府的相应职权。按照受益者付费的原则，管理和保护生态环境的各项成本也应逐步由中央财政全部承担，以减轻地方不合理的过重负担。森林、生物多样性和各级自然保护区的管理权应该由中央政府行使，保护区所在的土地也应当逐步征收为国有。这符合各国逐步加强中央政府环境管理权限的趋势。对于城市污染向农村的转移，其制度性的根源并非中央政府环境管理权限不够充分，而是地方政府相应管理权的法律缺位。对于固体废物向农村转移，应当把知情同意制度扩大到区、县级的层次，并进一步完善公众参与制度，听取并考虑废物接受地区的公众意见，以及损害补偿要求。为了控制大气和水污染物向农村集中，污染总量控制制度应当进一步细化，将省级政府可以实施总量控制的规定，修改为强制的地方政府责任，同时区、县级政府也必须实施污染总量控制，如果必要，在乡、镇区域也要制定总量控制计划。另外，为了救济农村已经遭到的严重损害，还应探索并建立由污染者付费的农村污染损害赔偿基金制度。
