由于巨额财产来源不明罪属于一种推定犯罪，其证明方法和其他犯罪的证明方法有很大差别。由于我国还没有建立、健全行之有效的国家公务员财产申报制度，司法实践中，巨额财产来源不明罪的证明方法及证据运用，一直是个让司法机关感到比较棘手的问题。
1、证实拥有巨额财产或者支出是认定巨额财产来源不明罪的基础和前提，首先通过多种证据证明嫌疑人拥有巨额财产或支出，这是推定巨额财产来源不明罪构成的事实基础。司法实践中，证明巨额财产一般通过查封扣押物证、书证来证明犯罪嫌疑人拥有巨额财产，常见物证有：现金、有价证券、金银珠宝、不动产、车辆、电器、古玩字画等。书证主要有：金融凭证如存单等、产权凭证、其他财产权益凭证、消费票据、银行及有关单位的帐册、会计资料等。在运用物证、书证进行证明时，注意通过辨认、鉴定的方法查清来源和价值。如某地检察机关在侦查某建行行长巨额财产来源不明案时，在其家中查获水晶球一对，其妻子称是在缅甸游玩时化4000元购得，检察机关委托有关珠宝专家对水晶球进行鉴定，认定其价值达4万元人民币，根本不可能以数千元从市场购得。
这里要指出的是司法实践中常出现这样的情况，当犯罪嫌疑人及其家人觉察到司法机关的调查，转移财产是其本能的反应，被转移的财产有的经过努力可以查获，有的因环节众多无法扣押到案，这种情况下，帮助转移财产的相关人员的证言证明转移财产的事实及转移财产的数额，也可以认定犯罪嫌疑人拥有相应的财产。
如李某某巨额财产来源不明案，行政监察机关对李某涉嫌受贿问题开始调查后，李某就伙同其妻将财产分批转移，其中人民币300万元、美元15万元、港币25万元交给其赴港定居的儿子，后其子大部分将其投入股市，亏损殆尽。上述财产虽未到案，但犯罪嫌疑人及其妻、子、相关证人对转移财产的事实、数额等供证一致，可以认定拥有巨额财产的事实。
2、责令说明是巨额财产来源不明罪证明的必经程序。发现犯罪嫌疑人拥有巨额财产或支出后，责令犯罪嫌疑人说明财产来源是法定的程序。但法律并未规定“在一定时间内说明来源”，这给司法实践中，司法机关及时的查处巨额财产来源不明罪带来很大的困难。
司法实践中，有的犯罪嫌疑人为对抗侦查、逃避罪责，提出一些很难查证的虚无缥缈的说明，有的犯罪嫌疑人对一项财产的来源先后多次作出不同说明，特别是被司法机关查证否定后又提出“新”的说明，使司法机关的侦查工作陷入“无限期的”查证之中。有的案件一审判决后，二审上诉期间，被告人及其家属对一审认定的事实又提出“新的”财产来源说明，还有的案件判决生效后，被告人及其家属不断提出“新的”财产来源说明，使案件陷入无限循环往复的缠讼之中。上述行为，耗费了我国司法机关目前还很紧缺的大量宝贵司法资源。
如某检察机关查办的被告人韩某巨额财产来源不明案，检察机关在查获其家中100余万元的巨额财产后，当即责令其说明来源，韩某及其妻子提出许多虚无飘渺的财产来源证明。韩某提出其家中部分财产系其养母死前遗赠，经查其养母是一个普通的农村妇女，根本不可能有巨额遗产。韩某又提出其养母曾在一荒地中挖出一个坛子，内装黄金、银元若干。为给予韩某充分的说明时间，检察机关根据诉讼法规定，两次延长侦查期限。但到了案件的开庭前，韩某及其辩护人又提出许多财产来源的新证据，为了核实这些证据，公诉人只得建议延期开庭。一审判决后，到了案件的上诉阶段，被告人韩某又对以前被私法机关查证否定的财产来源证据，提出新的财产来源证据。案件似乎陷入了永无休止的财产来源举证、查证、否定、再冒出新证据的怪圈中。
笔者认为，为避免司法实践中的上述尴尬情况出现，特别在我国目前还没有完备、有效的国家工作人员财产申报制度，经济条件比较落后，司法资源又十分有限的现状下，应该限制巨额财产来源不明罪中说明的时间和次数。根据
刑事诉讼法的相关规定，检察机关、审判机关办理案件都有相关的期限限制，根据诉讼效率和经济原则，被告人作出财产来源说明也应有相应期限限制。笔者建议，在侦查阶段，犯罪嫌疑人说明巨额财产来源不明的时间一般应该限制在一个月以内，对同一财产的来源说明以两次为限。对案情复杂、数额特别巨大、时间跨度较长的案件经上级人民检察院批准，可以延长一个月。案件提起公诉以后的诉讼阶段，对当时拒绝作出解释和说明、已经说明的同一财产来源不得提出新的说明。对犯罪嫌疑人说明了财产来源，因线索不具体司法机关无法查实的可以补充作具体说明。
3、确定犯罪嫌疑人包括共同生活的家庭成员的合法收入是证明巨额财产来源不明罪的关键。
最后对于犯罪嫌疑人拥有的巨额财产或支出，结合上述三点查证情况，作出合理的司法判断和推定。
㈡、该罪的数额计算标准和方法问题
司法实践中，计算巨额财产来源不明罪的犯罪数额，通常可按照以下公式进行：X=K＋Z－F－H－W。其中，“X”表示巨额财产来源不明罪的犯罪金额；“K”表示扣押查获的财产；“Z”表示行为人以往的所有支出；“F”表示巨额财产来源不明罪以外的犯罪金额；“H”表示行为人合法收入； “W”表示行为人违纪等非法所得金额。
在具体计算方法上，应注意以下问题：
1.应把国家工作人员个人财产和与其共同生活的家庭其他成员的财产、支出等一并计算，一并减去他们所有的合法收入。
2.行为人现有财产包括房产、家具、生活用品、学习用品及股票、债券、存款等动产和不动产；行为人的支出包括合法支出和不合法的支出，包括日常生活、工作、学习的消耗费用、罚款及向他人行贿的财物等；行为人的合法收入包括工资、奖金、稿酬、合法继承、受赠等法律和政策允许的各种收入。
3.如果遇到难以计算的情况，计算行为人合法收入时要采取就高不就低的原则，计算支出时要采取就低不就高原则，即采取有利于犯罪嫌疑人的原则。需要指出的是，司法实践中，有的办案人员为了图方便，在上述计算内容中，往往不计算行为人的家庭正常支出（F）。这种计算方法虽然省事，似乎有利于被告人，但此种计算方法反映司法人员在认定财产数额时计算方法的随意性，是不符合司法的客观、公正要求的，也有损司法的严肃性、科学性。笔者认为，对于当事人历年来的家庭支出，油盐酱醋等开支要求司法人员全部查清，确实有困难，但我们可以根据国家统计部门公布的当地居民正常生活开支数据，取中间水平来计算当事人的支出。
如胡某巨额财产来源不明案，检察机关对其受贿犯罪立案侦查过程中，发现胡某在江西某市的住房内拥有巨额财产，胡的妻子也在转移其北京家中的财产，并去银行提取大量现金，侦查人员迅速对其本人控制的财产及其妻子、子女所控制的财产进行清查，最终查证认定胡某本人及其家庭共拥有财产计人民币793.32万元，用于行贿支出8万元。经责令胡某说明来源并作相关调查，证明其子女没有经济收入，胡某受贿545.55万元，胡某及其妻子能说明来源合法的财产人民币94万元， 尚有价值人民币161.77万元的财产不能说明来源合法，经查证也无合法来源的证据，据此认定胡某不能说明来源合法的161.77万元构成巨额财产来源不明罪。
