为革除上述诸多弊端，笔者建议检察机关应当实行检察系统内的垂直管理。由于我国幅员辽阔，可以先试行省级以下的垂直管理。同时，为区别各地区级市院和县级市院的名称，建议地级市院改称为某某省院某市分院。
这里，还必须澄清一个问题，实行垂直管理，不是不坚持党的领导，更不是闹司法独立。检察机关坚持党的领导，不是一定非要坚持接受同级党委的领导。应当看到，实行垂直管理后，下级检察机关的党组织服从上级检察机关的党组织领导，最高检察机关的党组织统一服从党中央的领导。这是在遵循司法管理规律的同时切实加强党对司法机关领导的最好体现。
在新中国的检察史上，从1949年12月制定的《最高人民检察署试行组织条例》规定的垂直管理，到1951年9月通过的《地方各级人民检察署组织通则》规定的双重管理，到1954年《
人民检察院组织法》重新规定的垂直管理，再到1978年恢复重建后现行《
人民检察院组织法》规定的双重领导。可见，检察机关垂直管理制度并不是今天的独创，笔者认为，垂直管理遵循了司法公正运行的客观规律，适应今天司法改革发展的需要。
此外，实行垂直管理后，多年制约检察工作发展的检察经费的问题，也将随着经费由地方财政、中央财政统一支付而迎刃而解。
㈢建立规范、高效的主诉（办）检察官制度
主诉（办）检察官制度从试行至今已三年有余，但直到高检院在全国推广，也是在没有修订《
人民检察院组织法》的“尴尬违法”情况下推行的。各地在试行过程中的一些规定、做法也不尽一致。本来实行主诉（办）检察官制度是为了改变过去那种审批制、请示制、检察委员会制等“泛行政化”的运作机制，以便真正建立责权利统一的检察官办案机制，充分保障检察官依法独立行使检察权，提高诉讼效率。但在具体实施过程中，由于主诉（办）检察官的责权利没有充分规范明确。在办案过程中出现了两种不正常现象：一是遇有复杂疑难案件，主诉（办）检察官怕承担责任，经主诉（办）检察官讨论后，再提请主诉（办）检察官会议讨论，还不能决定的再提交科室讨论，最后，往往还要提交检察委员会讨论，如此做法反而由过去的三级办案增加为四级办案，影响了办案效率，有违改革的初衷。据统计，某市院去年主诉检察官办案组直接决定起诉的案件，仅占全部办案数的12%。二是由于放权主诉检察官，又带来某些主诉（办）检察官滥用手中的权力，放纵犯罪，滋生司法腐败。
