6、资金投放非农化趋势增强、经营目的由非营利向营利转化。这与前述产权不清、内部人控制、追求短期高额利润等问题直接相关。这种趋向与农村合作基金会的目的与宗旨背道而驰。且高利润必然伴随高风险，由此导致合作基金大量发生逾期、呆滞和呆死账等问题，为日后出现挤兑风波，从而影响农村金融秩序，进而影响农村社会稳定，最终导致被中央政府全面取缔理下了导火索。
对农村合作基金会在运作上出现的上述问题，政府有关部门是清楚的，上述所引文件的出台在某种程度上就是对症下药的产物。其目标是将农村合作基金会真正办成“社区内的资金互助组织”。但令人遗憾的是，对农村合作基金会的清理整顿由于涉及到地方既得利益的调整而未能达成预定效果。至1997年11月，国际金融形式尤其是东南亚比邻一片风紧，中央政府又在集中资金致力于国企改革，在内外交煎之下，为了有力防范金融风险、维护国家金融秩序稳定，防微杜渐，中央政府遂决定全面整顿农村合作基金会。与任何金融性组织突然被宣布关闭都必然发生挤兑危机和动荡局面一样，1998年各地普遍出现农村合作基金会挤兑风波，四川、河北等地甚至出现了较大规模的挤兑风波，并且酿成了危及农村社会及政治稳定的事件。[6]
--- 稳定压倒一切。1999年1月国务院发布3号文件，正式宣布全国统一取缔农村合作基金会，并将此作为各地各级政府的重要的政治任务予以落实，以强制性的行政手段为农村合作基金会划上了一个句号。
三、对我国农村合作基金会制度的应有态度及其立法完善
鉴于农村社会对农业生产资金的现实需要，现行农村金融系统不能充分满足该需要的现实，以及农村合作基金会对满足该需要的替补作用，笔者认为，对待农村合作基金会是否应该采取行政一刀切的方式予以取缔，首先应该研判农村合作基金会制度本身是否蕴涵着破坏金融秩序的必然性，辩别影响金融秩序的稳定的究竟是农村合作基金会制度本身还是对农村合作基金会的运用。对照上文所述，我们不难发现，农村合作基金会运行过程中的问题，有一部分属于制度本身的问题，如主体地位不明，产权不清等，但更主要的问题出在运行中的行政干预、营利化经营、资金吸收与投向超社区、非农化、高息化，在于它的运行背离了“社区内的资金互助组织”的定位！因此，笔者认为，我们对待农村合作基金会不应一刀切地给予取缔，而是应该在制度上进一步完善。我们认为，可对农村合作基金会作出如下立法改革：
1、提高农村合作基金会的法源层次，并周详其法律制度。如前述，以部门规章级的通知、办法作为对农村合作基金会进行调整的基本法源，层次太低，不足以保障农村合作基金会法制化、稳定化、全局化的发展，更难以避免各地自行其是，不能在立法层次上有效地统一对农村合作基金会制度的认识。因此，提高农村合作基金会法律制度的层次，制定《农村合作基金会条例》（在目前尚无《合作社法》或《合作经济组织法》的情况下不宜制定《农村合作基金会法》），将能有效规范、统一农村合作基金会的运行与发展。并且应该规定周详，增加可操作性。
2、明确农村合作基金会“农村社区内部资金合作互助组织”的法律地位。基于1996年《
国务院关于农村金融体制改革的决定》所建立的农村金融体系框架，明确农村合作基金会“农村社区内部资金合作互助组织”的法律地位。以此为纲领，构建合作基金会制度体系，圏定其活动范围，赋予其权利能力与行为能力界限。
